顶刊快讯《Nature Method》Vitessce多模态和空间分辨的单细胞数据的综合可视化

主要观点总结

本文介绍了开源科研工具Vitessce，用于探索多模态和空间分辨单细胞数据的交互式、基于网络的可视化框架。该工具可以整合和可视化多种数据类型，包括基因表达量、空间分辨的转录本和细胞分割等，支持在多个协调视图中探索数百万个数据点。文章还介绍了Vitessce的主要功能、开源性质、数据支持情况和应用案例。

关键观点总结

关键观点1: 介绍Vitessce工具

Vitessce是一个用于探索多模态和空间分辨单细胞数据的交互式、基于网络的可视化框架，可以整合和可视化多种数据类型，包括基因表达量、空间分辨的转录本和细胞分割等。

关键观点2: Vitessce的主要功能

Vitessce支持在多个协调视图中探索数百万个数据点，可以整合和可视化多种数据类型，包括基因表达量、空间分辨的转录本等。

关键观点3: Vitessce的开源性质和数据支持

Vitessce是一个开源软件，可以在多种计算环境中使用。它支持多种文件格式，包括CSV、AnnData、MuData、SpatialData、OME-TIFF和OME-Zarr等。

关键观点4: Vitessce的应用案例

文章展示了使用Vitessce进行数据可视化的多个案例，包括单分子荧光原位杂交数据、10x Genomics Visium数据集、3D多模态质谱成像数据集等。

正文

请到「今天看啥」查看全文

这个真的是普惠群众

Vitessce是一个开源软件，可以在多种计算环境中使用，包括静态网站、网络应用程序、数据门户、Jupyter Notebooks、RStudio和R Shiny应用程序。

（3）数据支持：

Vitessce支持多种文件格式，包括CSV、AnnData、MuData、SpatialData、OME-TIFF和OME-Zarr等。

（4）应用案例：

论文中展示了几个使用Vitessce进行数据可视化的案例，

• 包括单分子荧光原位杂交（smFISH）数据、

• 10x Genomics Visium数据集、

• 3D多模态质谱成像数据集、

• CODEX数据集、

• CITE-seq数据集和10x Genomics Multiome数据集。

图1介绍：

• 图a 展示了Vitessce作为一个工具，可以集成到网络浏览器和编程语言分析环境中，如Python和R。

• b 说明了Vitessce支持多种数据格式，包括单细胞数据、单分子数据和显微镜数据，并且可以在多种视图中进行可视化。

• c 强调了Vitessce的模块化设计，允许用户将多模态和空间单细胞实验数据与计算分析结果一起进行综合可视化。

• 图中的箭头显示了Vitessce能够处理来自不同实验的数据，这些实验可能测量了不同观察子集的共同特征子集。

• 图例还提到了Vitessce支持的数据格式和标识符类型，并感谢了Reactome.org提供细胞图像图标

请到「今天看啥」查看全文