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玩转服务器-配置SeuratV4环境

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2025-04-01 21:53

正文

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都写这么清楚了,求求各位用户老爷,不要直接在家目录下就开始我行我素了,新建一个project再开始项目好不好 🥺

2. 正确退出

Rstudio在退出的时候不要保存 .RData 。也最好不要直接关闭网页,否则有可能导致以后登陆Rstudio-server报错。

在退出之前把该保存的脚本保存好,然后清理掉变量(扫帚),点击退出(窗口右上角),不保存 .RData ,最后关闭网页即可。

退出步骤
退出步骤
不保存整个项目的RData
不保存整个项目的RData
3. 长时间运行的任务,提交后台运行,就不要使用交互界面了。

不知道登录的时候大家有没有注意到Rstudio-server的提醒?如果5个小时没有交互,就退出登录了。【这已经是我们宽限的设置了,默认设置是60分钟】,如果你的程序超过5个小时的运行时间,就建议你写成R脚本,提交后台运行。

登录提示
登录提示

共享服务器用户默认调用Seurat V5

使用Rstudio-sever的用户,大部分都会用到单细胞Seurat流程,服务器公共R包库提供的Seurat版本是V5

##查看R包库默认路径
.libPaths()

#
#查看已安装Seurat版本及路径
installed.packages()["Seurat", c("Package", "Version", "LibPath")]
检查默认版本
检查默认版本







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