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Nature | 破解DNA复制的密码:人类MCM双六聚体加载机制的首次全面解析

生物探索  · 公众号  · 生物  · 2024-12-01 15:30

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完成阶段,保护片段缩短至55 bp,显示额外接触区域的消失。

冷冻电子显微镜(Cryo-EM)
冷冻电镜技术提供了原子级别的分辨率,帮助研究人员直接观察到 人类微管状复制复合体的双六聚体(human MCM Double Hexamer, hDH 加载的分子结构,包括六聚体之间的结合方式、DNA解旋的精细过程及ATP酶的活性位点分布。

人类MCM双六聚体(hDH)加载的重构实验 (Credit: Nature

该图展示了重建人类MCM双六聚体加载过程的实验设计、关键技术和主要结果,具体分为以下几个部分:

蛋白纯化和检测 (图a) 实验中使用了全长蛋白和N端非结构域(IDR)删除突变蛋白(∆N蛋白),包括: ORC1–5复合体(含ORC1(∆N)), CDC6(∆N)和CDT1(∆N)。 纯化的蛋白通过SDS-PAGE电泳分离后用考马斯蓝染色,左侧为全长蛋白,右侧为∆N突变蛋白,显示各蛋白的纯度和表达情况。 结果验证了重组蛋白的制备质量,确保后续实验的可靠性。
核酸酶保护实验流程 (图b)
核酸酶保护实验用于检测MCM加载过程中DNA与蛋白复合物的结合区域。实验中: 加载反应后用Benzonase酶切处理去除未保护的DNA; 用EDTA、SDS和蛋白酶K终止反应; 通过苯酚-氯仿-异戊醇提取纯化剩余DNA; 将DNA分离后通过TBE聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,并用SYBR Gold染色检测。
时间依赖性实验 (图c) 对比了酵母和人类MCM加载反应的时间依赖性,分为两组: 上图(酵母MCM加载), 加载过程中,保护的DNA片段在2-4分钟时开始形成,最终长度约为55 bp。 下图(人类MCM加载), 类似地,在∆N突变蛋白条件下,人类MCM加载产生了约75 bp的保护片段,随后逐渐缩短为55 bp。 这表明两者在加载过程中均表现出时间依赖性,但人类系统存在更广泛的初始接触区域。
∆N蛋白与全长蛋白的比较 (图d和e) d, ∆N突变蛋白的核酸酶保护实验,逐步去除关键蛋白(如ORC6、CDC6、CDT1)后观察保护片段的变化。 结果表明,缺失ORC6对hDH加载影响较小。 图e, 全长蛋白条件下的实验,显示ORC6存在时加载效率略高,但并非绝对必需。
全长与∆N蛋白的依赖性差异 (图f) 对比了全长蛋白和∆N蛋白在加载过程中对ORC6的依赖性。 结果表明: 在全长蛋白条件下,ORC6促进了加载; 而在∆N突变蛋白条件下,ORC6的加入反而抑制了加载。
不同蛋白截短对加载的影响






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