正文
完成阶段,保护片段缩短至55 bp,显示额外接触区域的消失。
冷冻电镜技术提供了原子级别的分辨率,帮助研究人员直接观察到
人类微管状复制复合体的双六聚体(human MCM Double Hexamer,
hDH
)
加载的分子结构,包括六聚体之间的结合方式、DNA解旋的精细过程及ATP酶的活性位点分布。
人类MCM双六聚体(hDH)加载的重构实验
(Credit:
Nature
)
该图展示了重建人类MCM双六聚体加载过程的实验设计、关键技术和主要结果,具体分为以下几个部分:
蛋白纯化和检测
(图a)
实验中使用了全长蛋白和N端非结构域(IDR)删除突变蛋白(∆N蛋白),包括:
ORC1–5复合体(含ORC1(∆N)),
CDC6(∆N)和CDT1(∆N)。
纯化的蛋白通过SDS-PAGE电泳分离后用考马斯蓝染色,左侧为全长蛋白,右侧为∆N突变蛋白,显示各蛋白的纯度和表达情况。
结果验证了重组蛋白的制备质量,确保后续实验的可靠性。
核酸酶保护实验用于检测MCM加载过程中DNA与蛋白复合物的结合区域。实验中:
加载反应后用Benzonase酶切处理去除未保护的DNA;
用EDTA、SDS和蛋白酶K终止反应;
通过苯酚-氯仿-异戊醇提取纯化剩余DNA;
将DNA分离后通过TBE聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,并用SYBR Gold染色检测。
时间依赖性实验
(图c)
对比了酵母和人类MCM加载反应的时间依赖性,分为两组:
上图(酵母MCM加载),
加载过程中,保护的DNA片段在2-4分钟时开始形成,最终长度约为55 bp。
下图(人类MCM加载),
类似地,在∆N突变蛋白条件下,人类MCM加载产生了约75 bp的保护片段,随后逐渐缩短为55 bp。
这表明两者在加载过程中均表现出时间依赖性,但人类系统存在更广泛的初始接触区域。
∆N蛋白与全长蛋白的比较
(图d和e)
图
d,
∆N突变蛋白的核酸酶保护实验,逐步去除关键蛋白(如ORC6、CDC6、CDT1)后观察保护片段的变化。
结果表明,缺失ORC6对hDH加载影响较小。
图e,
全长蛋白条件下的实验,显示ORC6存在时加载效率略高,但并非绝对必需。
全长与∆N蛋白的依赖性差异
(图f)
对比了全长蛋白和∆N蛋白在加载过程中对ORC6的依赖性。
结果表明:
在全长蛋白条件下,ORC6促进了加载;
而在∆N突变蛋白条件下,ORC6的加入反而抑制了加载。