我们以前介绍过一些研究circRNA常用的数据库和工具：circRNA数据库再更新，这次不只有肿瘤了！和如何设计circRNA的引物并检测其特异性？（含中文操作教程），今天我们继续介绍一个数据库：CircInteractome（Cirular RNA interactome）:https://circinteractome.nia.nih.gov/index.html

如上图所示，大家可以通过这个数据库

1. 搜索circRNA的名字、序列、在基因组上的位置及结合的蛋白；

2. 搜索circRNA结合的miRNA；

3. 设计circRNA的引物及siRNA序列；

可以说功能很强大了。下面我们就具体来看看这些功能的实现。

一、搜索circRNA的名字、序列、在基因组上的位置及结合的蛋白

首先是circRNA的搜索：

我们可以根据circRNA或者基因名进行搜索，比如以基因Cul2为例，在Gene Symbol后面的对话框中输入Cul2，然后单击circRNA Search：

在新页面中就出现了这个基因来源的各个circRNA，基因组的位置、长度及在什么样本中表达，单击XLS图标还可以下载：

我们单击第一个hsa_circ_0000234后可以看到更加详细的信息：

通过单击location可以在UCSC中查看位置：

通过单击Mature Seq可以看到circRNA的序列：

我们也可以看到预测到的与hsa_circ_0000234结合的RNA结合蛋白是EIF4A3。

当然，如果要反过来操作，根据RNA结合蛋白（RBP）来预测与之结合的circRNA:

在右侧的界面中，我们可以输入RBP或者circRNA的名字，比如RBP我们用HNRNPC，在输出output type里面可以选择excel file download也可以选择web：

这样可以看到预测到的与HNRNPC结合的circRNA：

二、搜索circRNA结合的miRNA；

在右侧输入框中输入hsa_circ_0000234，然后单击miRNA target search，就可以看到预测到的miRNA了：

三、设计circRNA的引物及siRNA序列；

单击左侧的Divergent Primers：

输入circRNA的名字后单击Divergent Primers Search：

siRNA的设计：

输入名字后单击siRNA search：

好，数据库就介绍到这里。

ref：Dudekula DB, Panda AC, Grammatikakis I, De S, Abdelmohsen K, and Gorospe M.CircInteractome: A web tool for exploring circular RNAs and their interacting proteins and microRNAs. RNA Biology, 2016, Jan 2;13(1):34-42