scATAC-seq分析之Signac Motif富集分析

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library (Signac)
library (Seurat)
library (JASPAR2020)
library (TFBSTools)
library (BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10)
library (patchwork)


mouse_brain "adult_mouse_brain.rds")
mouse_brain

p1 TRUE, pt.size = 0.1) + NoLegend()
p1

Step2. 向 Seurat 对象添加基序（motif）信息

为了进行 motif 分析，我们需要将 DNA 序列的 motif 信息添加到 Seurat 对象中。可以通过运行 AddMotifs() 函数来实现：

# Get a list of motif position frequency matrices from the JASPAR database
pfm 
  x = JASPAR2020,
  opts = list(collection = "CORE", tax_group = 'vertebrates', all_versions = FALSE)
)

# add motif information
mouse_brain 
  object = mouse_brain,
  genome = BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,
  pfm = pfm
)

为了方便在 Signac 中进行 motif 分析，我们创建了一个名为 Motif 的类，用于存储所有所需的信息，包括：

• 位置权重矩阵（PWMs） 或 位置频率矩阵（PFMs） 的列表
• 以及 motif 出现矩阵

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