新课第四期，7 月 | 单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源

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直播与回放。在直播课程上，会带领学员一步步完成数据分析，并穿插讲解课件。在线视频回看不限次数，涵盖全部直播过程。理论配合实操，理解技术要领，利于回顾、审查和优化分析流程。

流程和代码。本课程提供搭建好的单菌基因组分析流程，主要基于Linux系统、R语言和部分Python脚本，以应对繁重、批量化的计算任务，同时保持整体分析的灵活性和可重复计算。代码，记录了分析的过程和细节，存档在计算机中，便于使用、回顾、审查、优化、发表和共享。一些在线数据分析与可视化工具，能够简化相对固定的分析模块，可配合使用。

分析流程和课程主线

课程大纲和时间安排

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战操作，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课。（实际上课时顺序会略有调整）

01、02和03是课前的准备工作 (提前观看软件安装视频，或参加提前进行的软件安装直播)。

编号	主题	简介
01	系统与软件	Bioconda , Git , R, Rstudio, R包，PC软件安装等 , Ubuntu子系统
02	编程基础	Linux系列教程 , Linux常用命令 , 生信程序基础课节选
03	Linux软件安装	Conda安装与配置, 相关软件安装
11	组装	基本概念, 测序质量评估 (NGS/TGS)
12	组装	全基因组从头 (De novo)组装
13	组装	Nanopore/PacBio组装的NGS纠错
14	注释	基因组草图过滤、排序及评估, 物种鉴定
15	注释	多位点序列分型 (MLST), 表型预测 (耐药/毒力)
16	注释	功能基因注释, 泛基因组分析、构树及绘图
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