正文
“超级大黄蜂”与“经典大黄蜂”尺寸对比
两种型号均采用线传飞行控制系统（FCS），不过“超级大黄蜂”安装的是四通道系统，提高了可靠性。此外，“超级大黄蜂”的飞控致动器直接采用电气连接方式，取消了“经典大黄蜂”上的机械备份。早期型的减速板也不见踪影，“超级大黄蜂”飞控计算机通过差动控制翼面来增大阻力。
“超级大黄蜂”减速状态
“超级大黄蜂”通过缩小雷达散射面积来增强生存能力，发动机进气道内增加了雷达屏障，并涂覆有吸波材料，舱门和盖板边缘都采用锯齿状设计，消除或填充了不必要的表面间隙和谐振腔，并用多孔面板取代了机身上的辅助进排气格栅。
F/A-18E/F的加莱特进气口和进气道雷达屏障
主起落架锯齿边缘舱门
综合上述隐身措施，“超级大黄蜂”雷达截面积比“经典大黄蜂”减小超过的25%（具体取决于观测角度）。
“超级大黄蜂”的最大起飞重量为29937千克，而“大黄蜂”是23541千克。
“超级大黄蜂”的武器挂架从“大黄蜂”的9个增加到11个。86.4厘米的机身延长段意味着“超级大黄蜂”能多装近1.6吨的内油。F/A-18C的最大内油是4926千克，而F/A-18E是6532千克。
F/A-18E/F的挂架呈明显的外八字，一切拜密集的机翼挂架所赐
当外挂副油箱时，F/A-18E的载油量比C型多了约3吨。双座F/A-18F的内油容量比E型少了约390千克。
根据任务剖面，增加的燃油使“超级大黄蜂”的航程和续航时间增加50%之多，该机可在距离航母200海里（370公里）的战区滞空1.8小时，比“大黄蜂”增加40%。
此外，该机能带4491千克武器返回航母，大大降低了昂贵弹药的不必要浪费。“经典大黄蜂”的带弹返回能力仅为2495千克。
两者的飞行性能接近，不过“超级大黄蜂”从航母弹射起飞时无需开加力，更大的机翼也使该机的进近速度从F/A-18C的140节（259公里/小时）降到了128节（237公里/小时）。
“超级大黄蜂”大大提高了带弹返回能力
“经典大黄蜂”最初安装两台通用电气F404-GE-402低涵道比涡扇发动机，单台最大推力7257千克（71.17千牛）。从1991年起，安装F404-GE-402增强型发动机（EPE）的F/A-18C/D开始交付，这种发动机提高了燃油效率，最大推力也增加到8028千克（78.73千牛）。后来早期型“大黄蜂”也升级了这种发动机。
F404-GE-402涡扇发动机
“超级大黄蜂”安装两台9980千克（97.86千牛）推力的通用电气F414-GE-400涡扇发动机。这种发动机是F404的发展型，但其核心机来自F412-GE-400非加力发动机。F412最初是为A-12“复仇者II”隐身攻击机研制的，引入先进战术战斗机（ATF）项目YF120涡扇发动机的一些设计特点。
F414-GE-400涡扇发动机
“大黄蜂”的D形发动机进气口在“超级大黄蜂”上也被完全重新设计，平行四边形加莱特进气口的进气流量增加了18%以满足F414发动机的需要。
武器
“经典大黄蜂”可挂载6350千克弹药或副油箱，“超级大黄蜂”的载弹量增加到了8029千克。
两种战斗机能发射的弹药种类几乎相同，包括AGM-65空地导弹、AGM-88高速反辐射导弹（HARM）、AGM-88E先进反辐射导弹（AARGM
）、AIM-120先进中程空对空导弹（AMRAAM）、AGM-154联合火力圈外武器（JSOW）、GBU-31/32/38联合直接攻击弹药（JDAM）、GBU-54激光JDAM（LJDAM）、GBU-10/12/16/24/51激光制导炸弹和GBU-12F/52双模激光制导炸弹。
