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玩转参考基因组

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2025-04-14 18:57

正文

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*)或其他序列标识符。

  • source :注释的来源或生成数据的程序(如* HAVANA ENSEMBL *)。

  • feature :特征类型(如* gene transcript exon CDS *)。

  • start :特征的起始位置。

  • end :特征的结束位置。

  • score :特征的分数或评价值,通常是* . *表示无评分。

  • strand :链信息,* + 表示正链, - *表示负链。

  • frame :阅读框信息,对于编码序列(CDS)有用,可能为* 0 1 2 . *表示不适用。

    • 0 :表示CDS的起始位置正好在密码子边界上。
    • 1 :表示CDS的起始位置在密码子第一个碱基之后。
    • 2 :表示CDS的起始位置在密码子第二个碱基之后。
    • **.**:对于非编码特征(如基因、转录本、外显子)或不适用的情况下使用。
  • attribute :包含键值对的附加信息,通常以分号分隔,例如*







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