正文
博立公司提交以上证据用于证明DNA序列中某个碱基对的改变或者氨基酸序列中某个氨基酸的改变，都可能造成整个DNA序列或氨基酸序列功能的改变或丧失，本专利权利要求10、11中涉及的99%同源性的限定内容仍旧包括了大量氨基酸残基的改变，得不到说明书的有效支持。
诺维信公司向一审法院提交了如下反证：
反证7：《基因组学：核心实验方法》，斯塔基等著，于军主译，科学出版社出版，2012年3月第1版，2012年3月第1次印刷，第172、173页复印件。
反证8：《微生物学》，杨颐康主编，高等教育出版社出版，1986年5月第1版，1997年7月第12次印刷，第256、257页复印件。
一审庭审过程中，博立公司及专利复审委员会表示不认可本专利附图6中标有的星号*氨基酸就是本专利所限定酶中起到生物活性的保守氨基酸。
庭审结束后，博立公司提交了证据7即《微生物学》（周长林主编，中国医药科技出版社出版）第308-311页复印件。其第309页倒数第3段记载：“虽然生产菌种来自一个性状优良的微生物个体，但随着其后的传代培养，使用时的生产菌种是由众多的微生物个体组成，其中有许多是已发生了变异的个体。”该页倒数第1行记载：“但是对于一个产量较高的生产菌种而言，出现负变异的几率更高些。”
在庭审结束后，诺维信公司提交了反证9即由国家知识产权局专利检索咨询中心出具的编号为G1210241和G120242的两份《检索报告》，其检索结论为：1.根据委托要求,检索出具有与下述氨基酸序列99%以上同一性（同源性），并且来源于T.emersonii菌株的氨基酸序列的文献14篇。其中，专利文献12篇（不包括同族专利），非专利文献2篇。2.与委托人（即诺维信公司）提供的氨基酸序列具有至少99%同一性（同源性）并且来源于T.emersonii菌株的氨基酸序列在检索到的对比文件中均被描述为葡糖淀粉酶。用于证明检索到的来源于T.emersonii菌种的所有与SEQIDNO:7具有99%以上同源性的蛋白质都具有葡糖淀粉酶活性。
一审法院经审理认为：
（一）关于本案法律适用
本专利的申请日在2009年10月1日之前，依据《中华人民共和国立法法》第八十四条规定，并参照国家知识产权局制定的《施行修改后的专利法的过渡办法》的规定，本案应适用2001年施行的专利法的相关规定进行审理。
（二）关于本专利修改后权利要求10和11、权利要求13和14引用权利要求12（a)和（b)的技术方案是否符合专利法第二十六条第四款的规定
本专利修改后权利要求6的SEQIDNO:7为氨基酸序列，由591个氨基酸构成。本专利说明书中未对上述序列中起到可以在较热环境下仍能够稳定地将淀粉转化为葡萄糖作用的保守氨基酸进行具体限定。该权利要求中“与全长序列之间同源程度至少为99%”的限定内容包括了在5-6个位置上的氨基酸可发生改变的情况。该种改变如果发生在对SEQIDNO:7序列中对维持该序列生物特定活性起到关键位置的氨基酸上，则有可能造成该序列所构成蛋白质空间作用的改变，并进而丧失其特定的生物活性或功能。本专利说明书未对与SEQIDNO:7序列同源性为99%的其他氨基酸序列能否保持在较热环境下仍能稳定地将淀粉转化为葡萄糖的功能给出充足的实验数据,因此权利要求6中有关同源性限定的内容得不到说明书的支持。本专利修改后的权利要求10限定SEQIDNO:7序列来源的具体菌属和菌株，权利要求11限定了具体菌株的国际保藏号。因权利要求10、11从属于权利要求6，故权利要求10、11也包含了权利要求6中有关同源性的限定内容。本专利说明书未对上述序列中起到维持该序列特定生物活性的保守氨基酸进行限定，因此，权利要求10、11中引用权利要求6中有关同源性限定的内容使得权利要求10、11仍然包含了可在SEQIDNO:7序列中任何位置的氨基酸可以发生5-6个氨基酸变化的情况，即，权利要求10、11虽然限定到了具体的菌株及其保藏号，但仍包括了大量相对于SEQIDNO:7序列而发生取代、添加或缺失一个或几个氨基酸而发生变化的其他氨基酸序列，而氨基酸序列中发生的相关变化、尤其是起到保守氨基酸作用的变化，都可能会导致原有氨基酸序列特定功能的丧失。因此，权利要求10、11虽然限定到了具体的菌株及其保藏号，仍未克服其引用的权利要求6中的同源性限定得不到说明书支持的缺陷，同样不符合专利法第二十六条第四款的相关规定。
本专利修改后权利要求12中出现了“包括”，因此，该权利要求属于开放式权利要求。在该权利要求涉及的SEQIDNO:33(或者该序列中第649-2724位所示的DNA序列或其互补链）的一端或两端还可以添加任意数目和种类的核苷酸，而添加其他的核苷酸序列后该序列是否仍能够实现本发明所述的“在较热环境下仍能稳定地将淀粉转化为葡萄糖”的特定生物活性，本专利说明书未给出实验数据予以支持。因此，修改后的权利要求12不能得到说明书的支持，不符合专利法第二十六条第四款的规定，第17956号决定中关于权利要求12的相关评述正确。
本专利修改后的权利要求13、14引用权利要求12,限定了包括SEQIDNO:33的序列(或包括该序列第649-2724位所示的DNA序列或者其互补链）所来源的特定菌株及其保藏号。虽然SEQIDNO:33(及其第649-2724位所示序列或者其互补链）中的核苷酸排列顺序和核苷酸种类是特定的，但权利要求13、14仍旧涉及了其引用的权利要求12中有关“包括”的限定方式，即，权利要求13、14亦属于开放式的权利要求，在该权利要求涉及的SEQIDNO:33(及其第649-2724位所示序列或者其互补链）的一端或两端，仍可添加其他数量或种类的核苷酸分子，而在添加其他不同种类或数量的核苷酸分子后，权利要求13、14所引用的权利要求12中的上述序列能否维持原特定生物活性，本专利说明书未给出任何实验数据。此外，虽然权利要求13、14限定其序列来源于T.emersoniiCBS793.97菌株，但该菌株的遗传物质，即该菌株的DNA全长序列除含有权利要求12中的SEQIDNO:33(及其第649-2724位所示序列或者其互补链）的特定序列之外，还含有其他核苷酸序列，而截取自该菌株全部DNA序列中的一段含有SEQIDNO:33(及其第649-2724位所示序列或者其互补链）的核苷酸序列片段所编码的酶是否都能够保持原特定生物活性，本专利说明书亦未给出相应实验数据。此外，权利要求13、14虽然限定到了具体的菌株及保藏号，但根据本案在案的《微生物学》等证据的记载可知，某一特定菌株可能因各种原因（如保藏、运输等）而发生各种形式的变异，即其遗传物质中的某些碱基对或由基因表达的某些特定氨基酸可能发生变化，从而造成该菌株原有功能的改变或丧失，且生产用途较多的菌株更有可能发生变异。因此，权利要求10、11、13和14虽然限定到了具体的菌株，但上述权利要求中有关同源性和开放式的撰写方式使得被限定的氨基酸序列和DNA序列包括了可能产生各种变异的其他序列，在本说明书未给出充分实验数据支持的情况下，权利要求10、11、13和14的概括显然超出了说明书的内容，不符合专利法第二十六条第四款的规定。
本专利修改后的权利要求15-25、27-29引用权利要求10、11的技术方案,修改后的权利要求15-25、27-29引用权利要求13和14,并由此间接引用权利要求12(a)和（b)的技术方案均是葡糖淀粉酶的具体使用步骤和用途，其均未克服权利要求10和11、权利要求13和14引用权利要求12(a)和(b)中的技术方案得不到说明书支持的缺陷，因此上述权利要求同样不符合专利法第二十六条第四款的规定。
另外，本专利的保护主题为“热稳定的葡糖淀粉酶”，因此在评述本专利权利要求是否得到说明书支持的问题时，“热稳定”这一本专利的发明点显然是评述过程中应当予以考虑的因素，即权利要求中所要保护的酶是否具备“热稳定”这一生物活性属于应当考察的因素。如在评价过程中忽略“热稳定”这一因素，则本专利相对于说明书中所列举的现有技术而言，将失去其发明的意义，也偏离本专利的保护主题。在说明书未给出有关热稳定性的实验数据的情况下，上述权利要求也会因此得不到说明书的支持。
对于诺维信公司提交的《基因组学：核心实验方法》一书中有关“序列同源性”的相关记载，一审法院认为：该书中所记载的有关“序列同源性就是功能推断的基础”等内容涉及的是利用未知蛋白质的序列推断其功能的方法的简要介绍，而本案中涉及的是权利要求书是否得到说明书支持的问题。虽然按照该书中的记载，同源性较高的蛋白质可能是同一祖先进化的并保留有相似功能的能力，但也记载有“具有高度序列相似性的蛋白质也未必是保守的同源序列”的内容。具体到本案中，在本专利说明书未限定其保守氨基酸的情况下，权利要求6、10和11中的同源性限定仍旧包含了大量的其他序列，这些序列很可能包括无法执行原特定功能的旁系同源序列。因此，诺维信公司提交的上述证据不能支持其权利要求6、10和11能够得到说明书支持的主张。
对于诺维信公司提交的《微生物学》一书有关细菌分类和菌株定义的内容，一审法院认为，该证据可以证明“菌株”为微生物中的极低层次分类单位，但是，权利要求10、11中的同源性限定方式和权利要求13、14中开放式的限定方式使得上述权利要求仍旧包含了数量巨大的其他氨基酸序列或DNA序列，上述序列能否执行原SEQIDNO:7序列和权利要求12中(a)(b)序列所具有的特定功能，本领域技术人员从本专利说明书中的相关记载中无法得到合理的预测。因此，诺维信公司提交的该份证据不能支持其权利要求10、11、13和14能够得到说明书支持的主张。
对于诺维信公司在庭后提交的两份《检索报告》，一审法院认为，首先，虽然上述《检索报告》中检索到12篇非同族专利和2篇非专利文献，且上述文献中对于与SEQIDNO:7序列具有99%以上同源性且来源于T.emersonii菌株的氨基酸序列均被称为“葡糖淀粉酶”，但其检索出的12篇非同族专利文献均只提供了专利文献的首页，未显示具体的权利要求书和说明书，因此无法证明上述专利文献中出现的序列是SEQIDNO:7的同源序列或是该序列本身。其次，即使《检索报告》中14篇文献中出现的序列均为来源于T.emersonii菌株的SEQIDNO:7的同源序列，且其名称为“葡糖淀粉酶”，但上述序列是否能够真正实现上述功能，从《检索报告》本身无法直接得知，更无法得知上述酶是否具有本专利的热稳定特性，亦无法得知上述序列是否仅是12篇非同族专利文献对于本专利内容的引述。最后，虽然《检索报告》中检索到14篇文献，但与权利要求10、11、13和14所包含的数量巨大的其他序列相比，其数量仍过低，且《检索报告》中的内容未记载于本专利说明书中，不能直接作为支持权利要求的相关依据。因此，诺维信公司庭后提交的《检索报告》亦不能证明权利要求10、11、13和14符合专利法第二十六条第四款的规定。
（三）关于本专利创造性的有关问题
博立公司主张第17956号决定中讨论本专利权利要求相对于证据1是否具备创造性的问题时涉及到了热稳定性这一本专利关键的发明点，在讨论权利要求是否得到说明书支持时却又忽略这一因素，属于自相矛盾的评价方式。根据本专利发明背景等内容的记载，本专利相对于现有的葡糖淀粉酶的发明点在于本专利的葡糖淀粉酶具有更好的热稳定性，这一特性是判断本专利是否符合专利法相关规定时均应考量的相关因素。因此，博立公司的上述诉讼理由成立。
