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显然，赫胥黎的结论都是基于化石样本的研究，但是就人类进化而言，化石能提供的线索非常少，形态学上的数据也很不够。进入20世纪60年代，随着现代分子遗传学的兴起，在确立物种相似性时，科学家们开始寻求分子层面的证据。
首先是不同物种间蛋白质的关系。我们知道，一种病毒或细菌或其它什么异物进入生物体后，免疫细胞会产生作用分泌蛋白质，这种免疫蛋白质被称作抗体，它的主要作用是对付入侵者。
如果把物种A产生的抗体注入另一物种B，结合程度（亲和度）越高，说明物种B和A在进化关系上越接近，在进化史上，两者分裂的时间越晚。结合化石证据，科学家就能绘制出进化树。
灵长类进化关系。人类和黑猩猩分化得最晚，其次是大猩猩 / Molecular Phylogenetics and Evolution
除了研究蛋白质，就是研究基因（DNA）。在确定物种关系时，分子层面寻找的证据必须要充分，光测一段自然是不行，所以科学家需要通过多基因系谱分析，这样能更加准确地知道各种物种间的亲缘性（相似性）。
人类基因组有23对染色体，大约超过30亿个碱基对，而黑猩猩和大猩猩是24对染色体，也是超过30亿个碱基对。根据中国科学网的报道，由德国科研机构马普学会在本世纪所作的全基因组测序结果来看，人类与黑猩猩共享了99%的DNA，倭黑猩猩与人类共享了约98.7%的DNA。
人类与黑猩猩的遗传差距，甚至比亲缘关系非常近的两种鸟儿还小——例如红眼与白眼绿鹃。也正因为此，贾雷德·戴蒙德把自己的人类学著作的主标题定为《第三种黑猩猩》，人类就是第三种黑猩猩。
美国与坦桑尼亚制作，2012年上映的纪录片《黑猩猩》 / 豆瓣电影
不管怎么说，无论形态学还是基因学，猿类都有资格成挑战人类。
回到开头。观众们之所以会问“猿类是否会超过人类”，是因为有这样一个预设，即就目前而言，猿类还比不过人类。问题来了：人类到底高在哪里？
18世纪的博物学家、现代生物分类学之父林奈，将人类称为智人（homo sapiens），并将其划为哺乳类灵长目（mammalian primates）。
“灵长”一词原本是由日本人翻译而来，其所对应的是林奈所使用的拉丁文术语primate。词源上讲，primate与primary含义一致，即首要的、第一位的，因为在林奈看来，人类是生物形态的最高形式。
此外，智人（homo sapiens）中的sapine 是一个形容词，词源上同soph-，即智慧wisdom。林奈用“智人”一词指称人类，其实是在暗示，人类与其它猿类的根本区别在于智慧——按今天的科学术语，是智能（intelligence）——的有无。
上帝的手指触碰亚当的手指，意味着上帝把“灵魂”注入人类。智慧赋予了人类的统治权以合法性 / 米开朗基罗《创造亚当》
作为坚持贯彻人类中心主义的主体，我们不得不承认，人类总是习惯于拿自己为样板来给他者排序。林奈是这样，各种猩猿片的导演是这样，观众也是这样。
不过，不少学者相信，猿类和人类一样，都拥有智能，具体证据就是行为和语言上的能力。比如，在下面这段视频中，黑猩猩表现出会使用工具：
年长的黑猩猩会用树枝敲打隐蔽的蜂窝来获得蜂蜜，而且他使用了两把工具，先用一根大树枝凿开蜂窝，当吃完表面的蜂蜜后，又用一根小树枝掏出更深的蜜蜂。
另外，视频中那只年幼的黑猩猩也表现出了学习的能力，他在模仿长者掏蜂窝。迈克尔·托马塞洛对此的解释是，类人猿可以理解充满物理性因果联系的物理世界。
又比如这个视频：
