cytoscape蛋白互作网络可视化及插件使用

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确定好需要安装的位置，然后安装即可

因为在安装的时候，确定创建快捷方式，所以可以直接在桌面找到对应的应用程序，双击打开即可

整理需要的数据

在Cytoscape软件中进行蛋白互作网络可视化通常需要的数据：

• 蛋白质互作数据 ：可以从公共数据库如STRING获得，，用于定义网络中的节点和边。具体的分析及获取方式，在上一篇推文 STRING网站：蛋白互作分析的高效利器 整理过了的

从string网页获得 string_interactions.tsv

1. 差异基因表达数据 ：可以是如logFC（对数倍数变化）等数值型数据，这些数据可以映射到网络节点上，用以表示基因表达的变化。在Cytoscape中，属性数据（如实验数据或文本注释）可以映射到生物网络中，帮助在同一图表中可视化多种类型的数据，从而识别不同类型数据之间的模式和关系。

按需要提取差异基因的基因"symbol","logFC"列

# 2.准备cytoscape的输入文件
p = deg[deg$change != "stable",
        c("symbol","logFC")]
head(p)
write.table(p,
            file = "deg.txt",
            sep = "\t",
            quote = F,
            row.names = F)
# string_interactions.tsv是网络文件
# deg.txt是属性表格

导入数据到Cytoscape软件

在Cytoscape软件中，有两个主要的导入数据选项： Import Network from File System 和 Import Table from File System 。这两个选项用于导入不同类型的数据。

1.Import Network from File System（从文件系统导入网络） ：

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