一、理论与实践的相对疏离问题
二、不同领域的成熟度差异问题
三、概念构造和体系化能力不足问题
当下，中国法教义学研究呈现出日趋蓬勃的局面。如果说上一节所说的都是关于法教义学的误解或者说虚假问题的话，那么当下中国法教义学研究也的确显露出了一些值得反思的真正问题。
在中国，法教义学最大的局限性通常被认为在于“只关心法律条文的表述和承诺，而不关心法律在实践中的实施状况”。虽然社科法学者的这种批评如果被提升至对法教义学之固有品质的理解会失之偏颇，但这的确反映出中国法教义学研究早期的某些缺陷。
法教义学本身并非法学的专有活动，而是学术与实践的共同交流形式。法教义学关注司法实务乃其作为实在法之适用理论的内在本质使然。只是早期教义学者未摆脱就法条谈法条的传统研究桎梏，“睁眼看世界”后又盲目追捧德日教义学说，与司法实务界的互动也很少，将法教义学变成了纯粹的“学者法”，难免受到以实践和经验为导向的社科法学的批评。
相较而言，德国教义学者十分关注德国的司法实践。在德国法学教育之中，判例，尤其是联邦宪法法院和最高法院的判例，已成为重要的参考依据和研究对象。从20世纪50年代开始，联邦宪法法院、联邦最高法院和其他四个专门法院就陆续编辑出版了年度判例集（汇编）。不少法学期刊杂志都开设了“司法判例”或“案例评析”的栏目，刊登最新的司法判例，或邀请学者就新近的案例进行评析。
在当下德国法学院的课堂上，已不再只教授相关法律领域的基本原理，围绕法条传授基本教义知识，结合和剖析联邦法院（也包括欧洲法院、欧洲人权法院）的经典案例已成为教学常态，甚至占据一半课时以上。同时，法学者们也将自己的教义学说被法院尤其是联邦最高法院和宪法法院说理所引用为至高荣誉。
当然，这也引发了一个反向的批评：德国法教义学研究与司法实务之间没有保持足够的距离，反而影响了教义学对于司法实践批判功能的发挥。学者们在教学和科研中将高级法院（尤其是联邦最高法院和联邦宪法法院）作出的判例奉为圭臬，过度看重这些判例所提出之观点的权威性，造成了学界流行“法院实证主义”思想的后果。无怪乎有德国学者感叹，如今的德国存在一种从“法治国”到“法官国”转变的不可遏制的趋势！同时，法教义学的“过度实操化”也使得法教义学与基础学科相脱节，导致法律人对法理论层面的思考缺乏兴趣。
这里恐怕要将法教义学作分层处理，即区分出实用教义学与科学教义学两个层次。如果说实用教义学的主要功能在于知识的存储和论证的减负的话，那么科学教义学就还要发挥批判功能。唯有发挥科学教义学的体系内批判功能，才能对司法实践及其实用教义学保持反省的姿态，促进其不断进步。
德国法教义学的上述状况并不能说明，在中国，法教义学要与司法实务保持足够的距离，更不能说明实务导向的法教义学没有价值。中德两国的差异既源自不同的国情，也源自德国与中国处于法教义学发展的不同阶段。或许没有任何一种研究范式在任何时期能够完美地符合最初的理想定位。
所以，已历经两百余年因而高度发达的德国法教义学，现阶段要思考的问题是学术界是否需要与实务界保持更大距离，通过对实用教义学的批评和反思来提升法教义学整体上的科学性；而对于只有短短二十年时间、尚处于起步阶段的中国法教义学而言，其面临的现状是实务与学术的长期隔阂使得二者彼此靠拢成为一种必要。
当然，法教义学与实务脱节的状况，近年来在中国法学界已得到很大的好转。这既得益于体制内的力量，如案例指导制度的建立和国家对法学知识教育与实践教学相衔接的大力倡导，也得益于前文阐述的案例研究、鉴定式和法律评注工作的合力。
在一派欣欣向荣的局面下，未来的教义学研究也需要同时注意两个方面：
一方面，应当更为广泛地关注实用法教义学的发展。
司法实践未必总是走在理论的后面。相反，在转型期的中国，有太多案件发生在“理论的缝隙之中”。法院工作在法律实践的一线，法官负有裁判案件的法定义务，也必须在判决中围绕法律对案件的适用提出教义观点。学界需要更加重视这些真正从本国土壤中成长起来的教义学说，适时进行理论上的归纳、提炼和总结，促使其向科学教义学转变。同时，对于法院尤其是最高法院的判决意见，也需抱持更多“同情的理解”和“适度的敬意”。
