Nat Methods | 超快速、更温和！北京大学伊成器等报告更加灵敏的GLORI方法用于m6A的...

iNature · 公众号 · · 2025-05-06 09:32

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介绍了两种更新的GLORI方法，它们是超快速、温和的，并且能够实现比RNA起始材料低一到两个数量级的绝对 m ⁶ A 定量。

GLORI 2.0与来自大约10，000个细胞的RNA兼容，并且增强了转录组范围和基因座特异性 m ⁶ A 检测的灵敏度；GLORI 3.0进一步利用反转录沉默载体RNA，从低至500–1，000个细胞中实现 m ⁶ A 定量。使用来自小鼠背海马的有限RNA，该研究揭示了突触相关基因组中的高修饰水平。更新的GLORI方法将极大地扩展 m ⁶ A 在生物学中的绝对定量的适用性。

RNA修饰综合分析的进步极大地促进了表转录组学领域。一个标志性事件是 m ⁶ A 转录组测序方法的发展，这是真核生物mRNA中最普遍的修饰。从那时起，已经开发了许多方法来改进 m ⁶ A 的检测。最近，报道了能够在单碱基分辨率下绝对定量 m ⁶ A 亚甲基的方法，为 m ⁶ A 在生物调节中的功能提供了定量的视角。GLORI利用涉及乙二醛和亚硝酸盐的化学反应，使未甲基化的腺苷(A)有效且无偏见地脱氨基为肌苷(I)，同时使 m ⁶ A 保持完整。因此，在测序过程中， m ⁶ A 作为未转化的A信号被检测和定量。eTAM-seq使用高活性tRNA腺苷脱氨酶变体(TadA ),实现了A的特异性脱氨，但不实现 m ⁶ A 的脱氨。这两种方法在概念上类似于DNA 5-甲基胞嘧啶的公认亚硫酸氢盐测序，这是DNA表观遗传学领域的黄金标准。

研究人员之前开发了GLORI方法；因为它依赖于有效的化学脱氨基反应，GLORI在无偏倚和准确的 m ⁶ A定量方面表现出色。然而，GLORI引起严重的RNA降解，这限制了它在低RNA输入下的应用。例如，GLORI需要大约50，000–100，000个细胞的RNA作为起始材料；减少的RNA输入可能实质上损害 m ⁶ A作图或甚至不能获得合格的测序文库。然而，生物学研究通常获得有限数量的细胞，这超过了现有GLORI方法的能力。因此，非常需要解决GLORI中RNA降解的问题，使其与限制性起始材料相容。