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Nature Methods | 从胚胎到老年:人类造血干细胞全生命周期的动态揭秘

生物探索  · 公众号  · 生物  · 2024-12-08 15:30

主要观点总结

文章介绍了造血干细胞(HSCs)的研究,从胚胎期到老年期,HSCs的功能变化与人体健康密切相关。研究人员通过单细胞RNA测序技术揭示了HSCs在不同年龄阶段的基因表达网络和分化优先级的变化。研究发现胎儿期的HSCs具有强大的多能性和自我更新能力,主要分化为髓系细胞以支持发育需求;成年后,这种优先级转变为红细胞和血小板的生产;到了老年期,HSCs则倾向于扩增多能干细胞,却伴随功能衰退。此外,文章还讨论了造血干细胞与血液疾病如白血病的复杂关联,并探讨了基因治疗和健康老龄化的潜力。研究为理解生命进程、疾病治疗和健康预防提供了新的工具和突破口。

关键观点总结

关键观点1: 造血干细胞是人体维持健康的核心,其功能随年龄变化而经历深刻转变。

HSCs在不同年龄阶段的基因表达网络和分化优先级发生变化,影响人体生理状态和疾病发生。

关键观点2: 单细胞RNA测序技术为造血干细胞研究带来突破。

该技术可以精确捕捉单个细胞的基因表达状态,帮助研究人员绘制不同阶段造血干细胞的功能图谱。

关键观点3: 造血干细胞与血液疾病如白血病有复杂关联。

研究揭示了HSCs在胎儿期和老年期的特定基因表达网络,这些基因可能成为疾病干预的关键靶点。

关键观点4: 基因治疗和健康老龄化是造血干细胞研究的重点方向。

研究为个性化医疗和健康老龄化提供了新工具和思路。


正文

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它们专注于生成红细胞和血小板,确保血液输送氧气和维持凝血功能的高效运行。然而,到了老年期,造血干细胞面临前所未有的挑战。研究揭示,老年阶段的造血干细胞优先扩增自身,但功能显著下降,表现出明显的 髓系偏向(myeloid bias) ,这是由于基因表达中与衰老相关的信号增加,例如与蛋白质代谢紊乱相关的基因。

人类造血干/祖细胞(HSPC)成熟与衰老的全景图 (Credit: Nature Methods

细胞处理与分析流程(图a)
研究收集了来自26名供体的HSPC样本,覆盖从胚胎10周到77岁的多个生命阶段,包括胎肝、脐带血以及成年骨髓等不同造血部位。通过单细胞RNA测序技术,对每个样本中的HSPC进行高分辨率基因表达分析,从而描绘其在不同生命阶段的变化轨迹。
UMAP降维可视化(图b)
利用UMAP技术,将所有样本的HSPC基因表达数据降维并进行可视化。通过Louvain聚类,研究人员将HSPC分为多个细胞亚群,包括红系(erythroid)、粒系(granulocyte)、淋巴系(lymphoid)、单核/树突细胞(monocyte/dendritic cell, Mono/DC)、巨核细胞(megakaryocyte, Meg)以及嗜碱性粒细胞/肥大细胞(basophil/mast cell, Baso/Mast),同时标注了未分化的细胞群体。每一分群的分化特性是基于基因表达模式定义的。
特征性标记基因表达(图c)
展示了与各类HSPC分化状态相关的特征性标记基因在UMAP上的分布。例如: KLF1:红系分化的标记; ELANE:粒系分化的标记; DNTT:淋巴系分化的标记; MPEG1:单核/树突细胞的标记; PF4:巨核细胞的标记; HDC: 嗜碱性粒细胞/肥大细胞的标记。 这些基因的表达分布清晰地展示了各类HSPC的分化趋势。
不同年龄阶段的HSPC分布(图d)
随机抽取了不同年龄阶段(从胎儿到老年)中的4000个HSPC,展示了各阶段细胞分布在UMAP上的差异。总细胞数随年龄阶段变化而不同,覆盖了从胎儿期到老年期的完整生命周期。
HSPC分化状态的相对频率(图e)
显示了各HSPC谱系状态(如红系、粒系、淋巴系等)在不同生命阶段中的相对频率。例如,胎儿期以红系和髓系细胞为主,儿童期淋巴系细胞占主导地位,而在成年和老年阶段,髓系偏向逐渐增加。
主成分分析(PCA)(图f)
基于HSPC的状态组成进行主成分分析,揭示了不同年龄阶段HSPC的显著差异。例如: PC1区分了儿童期和其他阶段; PC2主要区分成年和老年阶段; PC3则分离出胎儿期和围产期的造血特征。 进一步分析显示,这些主成分是由特定HSPC状态的正或负贡献决定的。

基因的密码:解读造血干细胞的年龄“指令”
造血干细胞在人类不同生命阶段展现的多样性背后,是一套精密的基因表达网络。这些“基因指令”像是造血干细胞的导航系统,精准引导它们在合适的时间分化出所需的血细胞类型。研究表明,胎儿期和老年期的HSC基因表达有着显著的差异,这些特定的基因网络深刻影响着细胞的功能和分化优先级。
在胎儿期,HSCs的基因表达集中于支持发育的高效分化和多能性。研究发现, 胎儿肝脏中的HSCs高度表达FOS、JUN等基因,这些基因与细胞增殖和自我更新密切相关 。此外,胎儿期的HSCs还表现出与免疫系统早期建立相关的基因表达,例如DNTT,这对生成淋巴系细胞(如B细胞和T细胞)至关重要。胎儿HSCs的这一基因网络让它们具备强大的再生能力和适应性,能快速满足机体发育对各种血细胞的需求。






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