tinyarray简化多分组芯片数据分析

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gpl_number = geo $gpl

分组信息在pd的title列，所以从中提取需要的关键词整理为对应的分组即可

分组向量与探针注释整理

#整理分组信息且设置因子排序
Group=str_split(pd$title," ",simplify = T)[,1]
Group=factor(Group,levels = c("normal","hyperplasia","dysplasia","tumor"))

#获取探针注释
gpl_number
find_anno(gpl_number)

get_gpl_txt(gpl_number,download = T)
a = read.delim("GPL18802.txt",skip = 8,comment.char = "!")

colnames(a)
ids = a[,1:2]
#如果有空行怎么去掉
k = ids$GeneSymbol!=""
ids = ids[k,]
colnames(ids)=c("probe_id","symbol")
head(ids)

使用 find_anno 没有找到对应的探针注释，所以还是使用 get_gpl_txt

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