斯坦福团队开发超强算法：海量挖掘“基因CP”，助力癌症精准治疗

生物探索 · 公众号 · 生物 · 2017-06-02 10:33

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大规模筛选“基因CP”

癌细胞的遗传物质往往一团糟，因为基因的突变，DNA复制、细胞分裂过程完成失控。他们教给计算机一个简单的“如果这个，那么那个”（if this, then that）的概念，以便鉴定出表达水平相互依赖（合成致死的典型特征）的基因对，即如果A基因发生突变，那么Y基因会扩大表达量以弥补A基因功能的缺失。当A基因不突变时，Y基因可以被删除。换句话说， 这些互补基因“相互扶持” 。

研究团队针对12种不同类型的癌症、超3000个癌症相关突变，利用MiSL算法在国际肿瘤基因图谱（The Cancer Genome Atlas）中进行大规模筛选，以确定癌症相关突变基因对应的互补基因。具体而言就是，当特定癌相关突变发生时，表达量异常高的基因；或者当突变发生时，几乎很少或从未缺失的基因。

最终， 研究人员针对3,120癌症突变，筛选到145,891个潜在的合作致命伴侣。 令人兴奋的是，他们在89种合成致命性基因对中，发现其中有17对基因已经投入临床应用或者正处于药物研发中。“我们发现，这些互补关系比预想得更频繁，甚至于出现于看似毫无关联的基因之间。” Dill 表示。