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1984年8月,许其亮同志任空军第4军副军长,始终保持普通一兵的本色,保持勇于进取的闯劲。1985年8月,任空军上海指挥所参谋长。他运用现代管理知识在指挥所机关推行目标管理,得到充分肯定。1986年9月到国防大学基本系学习,深入研究空军在未来战争中的地位作用和现代化空军建设问题。1988年7月,任空军第8军代理副军长。1989年7月,任空军第8军参谋长。1990年6月,任空军第8军军长。他大抓军事斗争准备,推进战场设施建设,连续组织系列演习,推动该军工作重点从单纯日常防空向有效处理当面空情、随时准备完成作战任务的转变。
1993年1月,许其亮同志任空军副参谋长。他组织空军首次师、院长高科技集训,推进空军训练改革,多次参与组织指挥重大演训活动。1994年10月,任空军参谋长。他前瞻研究空军建设发展方向,组织制定空军武器装备发展战略,加强主要作战方向战备工作,富有成效地推进飞行部队战法训法改革和司令机关建设。在联合作战演习中,多次担任空军参演部队一线指挥员。在1997年香港回归祖国之际,周密组织指挥空中力量警巡行动,保障中国人民解放军驻港部队按时顺利进驻。在九八抗洪中,精心运筹指挥空军部队在空中和地面出色完成任务。
1999年2月,许其亮同志任沈阳军区副司令员兼沈阳军区空军司令员。他深入研究空中进攻作战和空军在联合作战中的运用问题,积极深化科技练兵,狠抓应急机动作战部队和新机部队建设,创新组织作战飞机与地空导弹进行电磁干扰条件下实兵演练,高标准完成系列战役演习和战备值勤等任务。在全军区严格按照战斗力标准考核选拔飞行骨干,加强飞行团正规化建设,部队战斗力水平明显提高。
2004年6月,许其亮同志任中国人民解放军副总参谋长。他围绕反“台独”军事斗争准备需要,指导抓好部队一体化训练、复杂电磁环境下研练、联合火力打击演习、军事训练效果评估和首长机关演练。筹划推动军事训练战略转变,组织全军军事训练会议和全军院校长集训,注重加强人才培养和军事法规建设,筹划指挥上海合作组织“和平使命-2007”联合反恐军事演习。狠抓总参谋部机关和部队的思想政治工作。