GSE75421芯片数据分析-1

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因为是2016年的数据，所以直接使用geoChina下载即可

#下载数据
library(AnnoProbe)
eSet = geoChina("GSE75421") 

#提取数据
eSet = eSet[[1]]

提取表达矩阵和临床信息

提取表达矩阵

#(1)提取表达矩阵exp
exp 

dim(exp)  #[1] 24479    12

range(exp)#看数据范围决定是否需要log，是否有负值，异常值，如有负值，结合箱线图进一步判断 
#[1]  1.1694 13.8943

boxplot(exp,las = 2) #看是否有异常样本

提取分组信息

#(2)提取临床信息
pd 

if(T){
  k1 = str_detect(pd$title,"normal");table(k1)
  k2 = str_detect(pd$title,"tumor");table(k2)
  pd = pd[k1|k2,]
}

#(3)让exp列名与pd的行名顺序完全一致
p = identical(rownames(pd),colnames(exp));p
if(!p) {
  s = intersect(rownames(pd),colnames(exp))
  exp = exp[,s]
  pd = pd[s,]
}

获取芯片平台编号

gpl_number 

#[1] "GPL18802"

step2-整理分组信息和探针注释

分组信息整理

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