R语言中长脚本及实战项目管理方式

正文

请到「今天看啥」查看全文

1. 使用if条件语句

可以 使用if条件语句，将不需要重复运行的代码或者运行时间较长的代码包裹起来，运行一次即可

比如在单细胞多样品数据分析过程中，降维聚类分群步骤因为需要运行harmony以及多样品的降维等时间都较长，属于限速步骤，所以可以写在if语句里面，不需要重复运行

###### step3: harmony整合多个单细胞样品 ######
if(T){
  dir.create("2-harmony")
  getwd()
  setwd("2-harmony")
  source('../scRNA_scripts/harmony.R')
  # 默认 ScaleData 没有添加"nCount_RNA", "nFeature_RNA"
  # 默认的
  sce.all.int = run_harmony(sce.all.filt)
  setwd('../')
}

需要运行的时候更改if()中的参数，选择F就是跳过这段代码，选择T就是运行这段代码

或者一些下载数据的代码，需要保留下来，但是只需要下载一次就可以不用重新运行了，也可以放在if语句里面

2. 将运行步骤分成多个脚本，避免脚本过于冗长

在单细胞多样品分析实战中，我们会使用到一个scRNA_scripts文件夹，来管理用到脚本

请到「今天看啥」查看全文