#MD#模拟教程:GROMACS之載脂蛋白模拟1

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out=!{"gmx pdb2gmx -f fws.pdb -ignh -o fws_processed.gro -water spce <}

定义单位盒子并填充溶剂

教程中是需要模拟一个简单的水溶液分子，定义模拟用的盒子并添加溶剂分为两步完成：
1.使用 editconf 模块定义盒子的尺寸
2.使用 solvate 模块想盒子中填充水
首先我们来定义盒子，本教程用的正方形盒子，其实盒子种类很多，一般使用菱形十二面体晶胞，其可以节省许多水分子，从而节省计算量。 -c 表示分子在盒子的中心部分。

out=!{"gmx editconf -f fws_processed.gro -o fws_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic"}

我们可以在vmd或者pymol中查看分子的情况，在用shell交互中下面块的内容不需要输入，转而使用 vmd fws_newbox.gro 或者 pymol fws_newbox.gro 进行查看

#演示使用，真正进行学习时直接vmd或者pymol查看
from IPythonTweaks import *

#演示使用
pymolPlotStructure("fws_newbox.gro")

之后我们进行溶剂分子的增加

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