三分钟教你做出使用TCGA数据发表文章中的图表

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3. 选择肿瘤类型

点击Rstudio中出现的cohorts， 出现左上角表格，记住所需要查询的肿瘤代号，输入到红色标注代码，表示选择查询的肿瘤类型。这里以胰腺癌作为例子。

cohorts = Metadata.Cohorts(format = "csv")
cancer.Type = cohorts[grep(" Pancreatic adenocarcinoma ", cohorts$description, ignore.case = T), 1]

print(cancer.Type)

4. 下载TCGA数据临床信息

在Rstudio中点击paad.Pats， 出现左上角表格，记录了所有胰腺癌的临床信息。

all.Received = F

page.Counter = 1

page.size = 150

paad.Pats = list()

while(all.Received == F){

paad.Pats[[page.Counter]] = Samples.Clinical(format = "csv",

cohort = cancer.Type,

page_size = page.size,

page = page.Counter)

if(page.Counter > 1)

colnames(paad.Pats[[page.Counter]]) = colnames(paad.Pats[[page.Counter-1]])

if(nrow(paad.Pats[[page.Counter]]) < page.size){

all.Received = T

} else{

page.Counter = page.Counter + 1

} }

paad.Pats = do.call(rbind, paad.Pats)

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