主要观点总结
本文主要介绍了基因组技术背景下，遗传测试的变异分类和重新分类的重要性及其过程。文中提到了遗传变异的五个等级分类，强调了变异重新分类是在分析的变异评估阶段收集信息的过程，并涉及到一系列资源为评估变异与特定疾病相关联的某一类别的可能性提供证据。文章还讨论了与变异重新分类相关的因素，包括标准化指南、分离分析、临床表现、祖源、数据库、生物信息学、基因组重分析、伦理和法律等问题。最后，文章强调变异重新分类的临床影响以及它所带来的不确定性和挑战。
关键观点总结
关键观点1: 遗传测试在临床医学中的重要性及其背景
随着基因组技术的不断扩大和遗传测试在临床医学中的广泛应用，对患者进行准确分子遗传诊断的重要性日益凸显。遗传测试注册记录了大量的遗传测试和疾病，涵盖了广泛的基因。当前最广泛采用的序列变异分类系统仍然是2015年由美国医学遗传学学会（ACMG）和分子病理学协会（AMP）发布的指南。
关键观点2: 遗传变异的分类和重新分类
遗传测试发现的遗传变异主要分为良性、可能良性、不确定意义、可能致病和致病五个等级。变异重新分类是随着时间推移重新分配变异的致病性的过程。随着基因组知识的演进和用于分类变异的信息的积累，任何之前已经分类的变异都可以从一个类别重新分类到另一个类别。这个过程是基因组医学的一个特点，代表了不断演进的文献体系。
关键观点3: 变异重新分类的相关因素
在对序列变异进行分类（和重新分类）时，没有金标准测试来确定其致病性。因此，科学家和临床医生依赖一系列资源来为评估变异与特定疾病相关联的某一类别的可能性提供证据。这些资源包括标准化指南、分离分析、临床表现、祖源、数据库、生物信息学工具、基因组重分析等。
关键观点4: 变异重新分类的临床影响
变异重新分类的临床影响是多样的，可以加强终身医疗监控，促使预防性手术或医疗治疗，为精准医疗提供信息，并延长患有罕见疾病的患者的诊断时间。然而，这个过程也带来了不确定性和挑战，需要谨慎的咨询和持续的护理者。
正文
变异重新分类
变异重新分类是基于从功能研究、计算机预测、病例报告、家族分离研究中积累的信息，在首次变异分类和后续重新分类之间进行的。根据当前发表的文献，在不同疾病和不同原因下对分配的变异进行检验时，变异重新分类的比例并不小，从3.6%到58.8%不等。
变异重新分类文献中的另一个重要焦点是变异分类和重新分类之间的时间间隔。已经证明，随着自初始分类以来时间的流逝，变异重新分类的累积速率有所增加。这可能暗示了积累信息以测试先前识别的变异。大多数保守的来源表明，变异重新分类发生在初始分类后的2年之内。然而，癌症遗传学的回顾性研究报告了在初始变异分类后不到1年就发生的变异重新分类的时间。
从良性到致病性的任何变异都可能被重新分类，尽管将不确定意义的变异（VUS）重新分类为良性或致病性是目前基因组医学的一个紧迫任务，以增加遗传测试的临床影响。随着NGS的广泛使用，VUS的报告越来越多，甚至在使用基因PANEL分析临床表型时，报告的临床可操作变异（可能致病/致病）数量也超过了VUS。2015年ACMG/AMP指南明确指出，VUS不应用于临床决策制定，并推荐进行临床调查和相关性研究，以帮助将变异分类为可能致病/致病或可能良性/良性。然而，在实践中，情况并不总是如此，一些研究表明，患者和临床医生会根据VUS结果进行治疗，包括外科治疗。
目前的建议是为了改善与变异重新分类相关的临床风险，应该定期和一致地重新审视先前指定的变异，以评估新信息是否会促使变异的重新分类。变异重新分类在临床遗传学实践中具有重要的临床意义，因为重新分类可以在患者旅程的任何时候削弱诊断性遗传测试的有效性。
