正文
2、RNA 和DNA MET 测序分析显示，在诊断METex14跳跃突变方面存在差异
19 个 METex14 变异阳性的DNA样本在剪接供体（SD）位点区域存在单核苷酸变异（SNVs）和缺失。有趣的是，对这些肿瘤活检样本（TBx）的分析显示，在 MET 的剪接区域出现了两个单核苷酸变异（图2A，受影响的DNA区域用红色表示）。在 RNA 分析中，72例患者的外显子 13 和 15 融合的 RNA 读数在 20 到 67000 之间（图 2B）。然而，按照 Oncomine Focus Assay 用户指南的建议，48.6%（35/72）的患者经确认 METex14 呈阳性（RNA 读数阈值 > 120），这部分患者被称为高 RNA 读数亚组。RNA 读数少于 120 的 37例患者被归类为不确定（低 RNA 读数亚组），如图 2C 所示。
在 RNA 诊断为 METex14 的患者中，53.9% 的患者DNA检测 METex14 呈阴性（图 2D），即使在那些 RNA 读数为 3170 - 9487 和 12301 的患者中也是如此。此处，DNA 覆盖度与 RNA 读数之间的皮尔逊相关性为 R=0.45，P 值为 0.02，其中DNA读数为零意味着未检测到 METex14 变异。这种中等程度的相关性表明，在 45% 的病例中，RNA 读数的增加往往会使DNA读数增加相同的单位。
对于 RNA 读数少于 120 的 35例患者，20%（7例患者）的DNA显示存在变异，位于 14 号外显子 5' 端的 SD 区域（图 2A，最后 7 个DNA区域为红色，以及图 2D）。此处，低 RNA 读数亚组与其DNA覆盖度之间的皮尔逊相关性为 R=0.38，p 值 = 0.026（图 2E），这表明在 38% 的病例中存在中等程度的相关性，说明DNA和 RNA 对 METex14 的诊断存在中等程度的相关性，与 RNA 读数的大小无关。
然而，等位基因频率（AFs）与 RNA 读数的数量无关（图 2F）。一些等位基因频率可能表明存在种系变异（等位基因频率约为 0.5）；遗憾的是，这些患者的种系变异信息无法获取。值得注意的是，这些低 RNA 读数的患者中，57.14% 在其肿瘤谱中未报告任何其他针对实体瘤靶向治疗适应症的可操作变异。不过，如果考虑到 ESR1（2.86%）、ERBB4（2.86%）和 PIK3CA（8.57%）不是肺癌中的可操作基因，这一比例可能会增加到 71.43%（图 2G）。
图2. RNA和DNA MET测序分析证明在诊断MET外显子14跳跃变异时存在差异。（A）MET基因（GRCh37.p13）的外显子13、14、15以及内含子14和15的DNA区域。下方展示的是DNA变异的位置，这些变异会影响外显子14的编码序列以及MET基因的剪接供体区域（各行中红色标注的变异），来自在SD区域存在DNA变异的每位患者。（B）x轴展示了METex14变异的RNA读数的广泛范围。每一列代表一名患者；虚线表示METex14阳性诊断的阈值（120个读数）。（C）根据RNA读数的数量，被归类为METex14阴性和阳性的患者数量。概念图表示所有来自非小细胞肺癌患者的、具有一对RNA和DNA测序且质量合格数据的肿瘤活检样本（TBx）。（D）概念图代表所有来自非小细胞肺癌患者的、RNA和DNA测序质量合格数据的肿瘤活检样本。（E）RNA和DNA读数之间的皮尔逊相关性用实线表示，标准误差用阴影表示。（F）对METex14阳性DNA变异的等位基因频率（x轴）和RNA读数数量（y轴）进行皮尔逊相关性分析。（G）METex14 RNA读数较低的患者肿瘤谱中发生变异的基因 。
