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2019年5月，党中央、国务院印发《长江三角洲区域一体化发展规划纲要》，明确以上海青浦、江苏吴江、浙江嘉善为长三角生态绿色一体化发展示范区,要求共同编制国土空间规划，按照程序联合报批。在示范区国土空间总体规划编制过程中，两省一市提出围绕跨省交界区域打造“江南庭院 水乡客厅”的概念方案。
2020年8月26日，示范区执委会正式启动水乡客厅城市设计方案国际征集，在充分听取两省一市三级八方的意见建议基础上，整合形成了水乡客厅城市设计方案成果，并于2021年4月28日经示范区理事会第四次全体会议审议通过。水乡客厅城市设计明确构建“一点、一心、三园、三区、三道、多村”的空间格局，方厅水院就是这个空间格局中的“一点”，是促进长三角地区文化交流与创新发展、集中展示一体化发展成就和江南水乡文化、体现“城水共生、活力共襄、区域共享”发展理念的重大功能场所。
2023年2月4日，国务院批复示范区国土空间总体规划，明确“在两省一市交界处约35平方公里范围，由三地合力打造一处水乡客厅”，同年5月18日，示范区水乡客厅国土空间详细规划正式批复，为方厅水院建设提供了法定规划依据。
方厅水院总建筑面积约10.4万平方米(其中地上6.7万平方米)，总体布局采用四合院形制，设计手法上采用新江南风格，在太浦河南岸以长三角原点为中心沿中轴线设置主会馆，四角分别设置沪苏浙皖的主题展馆，各馆通过三座步行桥及连廊无缝衔接，实现了跨域、跨河互连，体现了中国传统空间形制和江南水乡文化，又蕴含了长三角三省一市向心汇聚、一体发展的空间意向。
