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从已经实施的措施来看，政府职能转变最为显见。自贸区的政府管理行为逻辑从注重事先审批转为注重事中、事后监管。
在投资管理制度创新方面，上海自贸区实施负面清单管理模式，即非禁即可入，对负面清单之外的领域，将外商投资项目核准改为备案制，将外商投资企业合同章程改为备案管理。
同时，在上海自贸区内试行注册资本认缴制、“先照后证”登记制、年度报告公示制等登记制度。对境外投资开办企业实行以备案制为主的管理方式，对境外投资一般项目实行备案制。
企业登记实行“宽进严管”，放宽注册资本登记条件，取消注册资本最低限额。为提高行政审批效率，自贸区有“一站式”受理中心，工商、公安、税务等部门一处办公，对于未列入负面清单的外商投资一般项目，自贸区内企业将由原来29天缩减至承诺最快4天可以拿到营业执照、机构代码和税务登记。企业年检制度被取消，自贸区内企业采用年报公示备案。
在扩大服务业对外开放方面，上海自贸区选择金融服务、航运服务、商贸服务、专业服务、文化服务以及社会服务等六大领域，实施23条开放措施，暂停或取消投资者资质要求、股比限制、经营范围等准入限制措施。
“制度创新是核心领域，包括投资管理体制、金融制度、事中事后过程管理以及贸易监管方面的创新。”简大年告诉财新记者，目前自贸区管委会正在进行考核评估机制的框架设计，预计年内搭建完成，“这是一个逐步探索实践的过程，其中既包括对企业的跟踪评估，又包括对政府工作的跟踪评估，可能会有第三方、企业和政府部门共同参与”。
即便没有预期的政策优惠，自贸区还是吸引了很多企业的入驻意愿，百事通、泰国正大、上海联交所等25家企业在9月29日挂牌当日宣布入驻自贸区。
从已经公布的自贸区总体方案来看，自贸区的开放政策更多是针对外资企业，放开此前管制的投资领域和股比限制等，但是在办理申请注册的现场，财新记者了解到，首日577家现场登记的企业均为内资企业，贸易型公司居多。外资企业采用网上预先登记的制度，尚未有具体统计数据。一位从事服装贸易的企业负责人说，“现在感觉区内区外也没有太大差别，但不管怎样，要先进来再说。希望将来这里可以有很好的贸易氛围，尤其是在融资便利和低成本上有倾斜，方便我们开展业务”。抱着同样想法来抢注的企业主不在少数，包括先知先觉的温州商人。
“我们不反对任何企业来，但是我们有想要的企业，我们希望自贸区行业指导目录上的优质企业入驻。”自贸区管委会的一位负责人说，在上海自贸区范围内，通过贸易经济和金融开放的双向带动研究改革试验是使命，“因此对入驻企业我们也不能挑选，必须是一个环境样本，经济成分要多元化，经济结构要复杂化，要模拟出中国的经济大环境，才具有政策参考意义”。
金融开放被外界视为上海自贸区的亮点、重点，也为难点。在国务院公布的总体方案里，涉及到金融改革创新的内容，包括人民币资本项目可兑换、利率市场化、人民币的跨境使用、外汇管理体制改革四个方面，将从业务开放和准入两个方面切入金融领域改革。
金改等待号令
中国人民银行上海总部副主任张新认为，这几项改革都反映了金融为实体经济提供综合服务的总体需求。其中，人民币跨境使用和资本项目可兑换着力解决资金的合理流动问题，利率市场化解决的是企业使用资金的合理定价，外汇管理体制改革反映了金融管理新的管理模式。
