华南海鲜市场不是病毒发源地！基因追踪“零号病人”！

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全基因组数据分析溯源

▲跨越 8 个编码区的 120 核苷酸突变分析（来源：郁文彬）

这是一种基于种群遗传学的分析方法。 一种基因型不等于一个患者，一种新冠病毒单倍型携带者有可能是多人，甚至可能是上百人，比如 H1 单倍型就对应了 19 个样本，但是可以通过这个来溯源，因为某个单倍型患者意味着可能是来自同一个源传染。

研究人员收集了全世界各领域共享到 GISAID EpiFluTM 数据库中的 93 个新型冠状病毒样本的基因组数据 （截止 2 月 12 日） ，覆盖了四大洲 12 个国家。其中有 39 个样本来自 11 个国家的感染患者，编码了 31 个单倍型。来自中国的 54 个样本也编码了 31 个单倍型。

他们通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径发现，收到的 93 个样本包含 58 种单倍型，而 58 个单倍型中，H13 和 H38 是比较“古老的”单倍型，两者通过单倍型 H3 衍生出了单倍型 H1。

值得注意的是，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是 H1 及其衍生单倍型，而一份来自武汉样品的更“古老的”单倍型 H3 则与华南海鲜市场无关。作者结合第一批患者报告信息，以及种群扩张时间分析结果，作者推测华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。

作者还推测，单倍型 H13 和 H38 通过一个中间载体与蝙蝠冠状病毒 RaTG13 关联，这个中间载体 mv1 可能是一个祖先单倍型，也可能来自中间宿主或者“零号病人”。

“古老的”单倍型 H13 和 H38 的病毒样品分别来自深圳的病患 （广东首例） 和美国华盛顿州的病患 （美国首例） 。他们的旅行记录表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都来过武汉。

为什么有 2 个“古老的”单倍型呢？郁文彬对 DeepTech 解释说，其实 H13 和 H38，以及 H3，它们两两之间只有 1 个核苷酸位点的差异，有可能是衍生到 H3 后，发生了一次转换的回复突变，衍生到另外一种基因型基因型。并且两者都是同义突变，即该突变不影响基因表达的结果。这就意味着 2 个“古老的”单倍型极为接近。

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