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Nature | 填补全球遗传图谱关键空白!宿兵/张亚平/孔庆鹏系统性分析东南亚人群基因组多样性及演...

测序中国  · 公众号  ·  · 2025-05-17 19:21

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,对 37 具有代表性的个体进行 长读长 全基因组测序 构建了东南亚首个大规模整合基因组数据集 SEA3K 严格质控, 共识别出 7 , 959 万个小变异 包括 6 , 535 万单核苷酸变异( SNV )和 1 , 424 万短插入 / 缺失 indels ),以及 96,384 SV ,包括 38,531 个缺失、 55,073 个插入 134 个重复、 920 个倒位和 1,726 个复杂 SV

值得注意的是, SEA3K 数据集 2 , 283 万个小变异和 24,622 SV 为全球首次报道 其中 98.77% 变异为低频变异( AF 0.01 ), 78.0%SV位于基因间区或内含子区,19,438个SV与调控区域重叠 这体现了 东南亚人群独特的遗传多样性。

利用 SEA3K 数据集 研究团队还 构建 了一个高质量 基因型 插补 参考 panel SEA3K panel 。在 MSEA 人群 中, SEA3K panel 准确性显著优于国际通用的 1KGP TOPMed panel 其将







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