正文
-o 指明标准输出文件;
-e 指明标出错误文件;
最重要的是 cd $PBS_O_WORKDIR 这句命令
,它表示进入脚本文件所在的目录,执行脚本中的命令。如果没有这个命令,系统把用户 home 目录里当作工作目录,执行脚本中的命令;
本例中,系统将在脚本所在的目录建立 00.FastQC 文件夹,寻找 test.1.fq.gz test.2.fq.gz 两个文件作为输入文件,并把 fastqc 的运行结果写入 00.FastQC 文件夹内。
将上面的脚本存为 fastqc.sh,运行 qsub fastqc.sh,会将脚本递交到集群 batch 队列进行计算。
递交脚本以后,使用 qstat 可以查看脚本运行状态,结果会显示 Job ID (作业调度系统分配的任务代号)、Name (脚本的名称)、User (递交任务的用户)、Time use (已经运行的时间)、S (任务状态,R 表示运行、E 表示出错、C 表示停止) 以及 Queue (任务投递的队列);
使用 qstat -u username 可以查看指定用户的任务状态;
使用 qdel + JobID 来终止指定任务、qdel + username 终止用户所有任务;
使用 pbsnode -a 查看各节点的工作状态。
SLURM 作业调度系统
#!/bin/bash
#SBATCH -A projname
#SBATCH -n 10
#SBATCH -t 12:00:00
#SBATCH -J job_name
#SBATCH --output=test.out