无神论有一整套的概念的理念系统，基督教信仰同样也是有整套概念的理念系统。《上帝与罪恶问题》的作者用人文主义、无神论的概念来理解和描述基督信仰，而这些概念与基督教本身所描述的不一样，这样概念使用的混乱自然会得出结论：即基督教的这个神学命题是不自洽的。但事实上使用基督教的概念来理解基督教的神学论述：上帝是全知、全能、全善的，这完全是自洽的。
（一）几何的比喻
用一个例子来做比喻，或许可以让大家更明白一点。欧几里德几何，是建立在五大公理之上，这是是高度自洽的理论。欧几里德的几何有非常实际的应用。罗巴切夫斯基几何（非欧几里得几何的一种）也是建立在5个公理之上，那5公理当中，4个公理与欧几里德几何是一样的，但一个是不一样的。罗巴切夫斯基几何跟欧几里德的几何得出来的每一个结论都不太一样，比如我们从小熟悉的欧几里得几何的结论是：“三角形的内角之和是180度”；而罗巴切夫斯基几何的结论是“三角形的内角之和小于180度”。但是罗巴切夫斯基几何同样是自洽的，同样的，罗巴切夫斯基几何不但自洽，而且在天文等领域也有应用。
如果一个人用欧几里德几何的概念，来描述、思考罗巴切夫斯基几何的问题，那自然而然就会得出罗巴切夫斯基几何是不自恰不合逻辑的，“三角形的内角之和小于180度”，这怎么可能正确？这结论是不对的！但罗巴切夫斯基几何是合逻辑、正确的，只是你必须站在罗巴切夫斯基几何的基本假设、基本公理上去思考和理解，你才会得出“三角形的内角之和小于180度”等罗巴切夫斯基几何的结论是自恰、合逻辑的结论。
同样的要评述论述基督教的神学命题，你必须站在基督教的角度，基督教的定义来看这问题，你才能得出基督教这个神学命题是自恰或不自洽的。你从无神论的概念和论点来思考和描述基督教这相当不同的概念、神学论述、系统，自然而然会得出基督教的神学命题是不自洽的。
（二）系统的差异
不同信仰的学者使用一样的逻辑，为何有不同的结论？原因是很简单的，是基本假设上的不同。每一个系统都有基本的假设（在数学上假设就是公理，公理是没有经过验证的假设。不同的公理、假设带来不同的系统，如欧几里德几何的五大公理带来欧几里德几何的整个系统，同样，罗巴切夫斯基几何的五个不同的公理带来不同的罗巴切夫斯基几何系统）数学必须有公理、假设然后才能思考、推论、建立系统。人思考同样也必须有假设，理性的思考必须建立在非理性的假设，即信仰上。
从理性的角度看，基督信仰是站在一些基本假设之上：如圣经是真实的、是思考的起点；上帝是存在的，人是上帝创造的等。无神论同样的也站立在一些基本假设：如神是不存在的，人是进化来的，判断是非是从人的道德感出发等的假设之上。
无神论思想体系的人，要证明基督徒的理论是自我矛盾的话，要特别注意是进入另外一个理论系统，与无神论者本来持有的系统的基本假设、定义、概念完全不同的系统。
而《上帝与罪恶问题》的文章犯的错误是，是用无神论的概念去理解基督信仰的概念。
（三）基督信仰的基本理念和概念
要理解基督信仰的神学论述：上帝是全知、全能、全善的。必须介绍基督信仰的基本概念和原理-即基督教的基本定义、假设。
基督信仰中上帝的基本属性是公义和良善。公义的意思是说，上帝对任何的罪恶必定会处理，一定要让罪恶得到完全的对付。上帝的良善是说上帝是按自己的心意来创造人、帮助人、训练人，上帝对人的心意是好的。
回到我们的主题，“上帝是全知、全能、全善的。”这个论述上。无神论者和基督徒的结论的差异在于各自对概念的理解和定义不同。
上帝是全能的。在一般人的认识里，以为全能是指上帝想怎么做，就可以怎么做。而在在基督教信仰里认为上帝当然是全能的，但这个全能是受约束的全能，就是这个全能是必须是与上帝其他的属性，如上帝的公义、上帝的良善、上帝的意志不冲突的情况下，才是全能的。而照非基督徒看来未必是全能的。比如，上帝不能撒谎，有罪恶上帝不能不处罚，上帝不能不公平，上帝不能违背自己的意志——上帝是有不能的。
但是从圣经的角度，基督教的整体的神学观来看，上帝是全能的，但全能是受慈爱、公义、上帝的意志等上帝其余的属性约束的全能、这是基督信仰对全能的理解。
上帝是全善的。但上帝的良善受上帝公义的约束，意思说上帝的良善必须同时也是公义的，否则他就不是良善。
上帝的各种属性是相互相成、彼此合一、彼此不矛盾的。比如公义与良善是就是相互相成的、并不是互相矛盾的。
我们再举一个例子：
抗日战争的时候，有一个中国空军的驾驶员，对父母妻子孩子很好，是良善的人。但此驾驶员也在战争中轰炸、杀死了几百个日本人。虽然此空军驾驶员是杀过许多人，但仍然是良善的。公义与良善并不是矛盾的。相反如果此驾驶员没有去拼命杀敌，反而当了逃兵，他没有杀人，但他不公义，就不是良善的。
（四）两个系统对良善定义的不同之处
现在来到与无神论者最大的不同之处，那就是良善的标准。什么才是良善的标准，就是说良善的绝对标准是什么？必须有良善的绝对标准，否则，如何认定良善或不良善？
从《上帝与罪恶问题》的文章中，可以看出《上帝与罪恶问题》的作者是有高度道德感的人，认为存在着绝对的道德，可以来判断是否良善，包括判断上帝是否良善。当然这判断是从自己、人的判断、人的道德判断做尺度，来评判一切、包括上帝。显然《上帝与罪恶问题》的作者显然使用了人文主义的绝对标准：人的良知，人里面的道德认定就是标准。
