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此后他几次往返刚果和卢旺达，1997年又跟着25万离开戈马聚集地的难民进入了丛林，那些难民因为害怕被报复而在丛林中躲了6个月。
萨尔加多见证了这25万难民锐减至4万人的整个过程，消失的21万难民被世界遗忘，最终死亡。
那次离开刚果后，萨尔加多病了。“我病得非常严重，我的身体状况糟糕，我并没有被传染任何疾病，但我的心、我的灵魂病了。”
此时的他，是从马格南图片社“毕业”的当红纪实摄影师。他曾用6年时间去了26个国家，创作《人类之手》系列，拍摄乌克兰钢铁厂工人、印度煤矿工、巴西金矿工和灭火海湾战争伊拉克油田的消防队员。而收录刚果难民营的《出埃及记》系列作品，则是他用另外6年时间在40多个国家拍摄人类迁徙、逃难的场面，从卢旺达大屠杀到南斯拉夫和伊拉克难民。他的摄影不仅震撼人心，也有着非常可观的经济效益，其作品销售所得，曾占到马格南年度收入的一半。
“人类是个没有结尾的故事，一个悲伤、压抑、疯狂的故事。我对这个世界已经无所可信，我不再相信那些所谓的人类救赎，人类不应该像这样活着，没有人值得这样活着。”他亲眼看见了世间的黑暗，
“有许多次，我看着我的相机，为我双目所见而落泪。”
他开始质疑自己的摄影计划，质疑自己在这场人类浩劫之中所扮演的角色。“卢旺达之后，我还能干什么？”
巴西摄影师塞巴斯提奥·萨尔加多
尽管之后几年他的影集依然在陆续获奖，他的作品在全世界的美术馆进行展览，但他却一蹶不振。
也正是在这时，父亲重病。萨尔加多和妻儿离开一起生活了20多年的巴黎，回到巴西老家照顾父亲。位于巴西东南部的淡水河谷充满着萨尔加多儿时的记忆，但曾经茂密森林覆盖整个山丘的农场，如今除了枯树和荒土之外别无他物。这里所属的马塔亚特兰蒂卡丛林
（Mata atlantica）
近几十年受到农业、工业和干旱的影响面积不断缩小，只剩下了最初丛林面积的7%。身边的妻子提出一个想法：“为什么我们不在这里重新种树呢？”
“地球研究所”计划孕育而生。在萨尔加多600平方公里的农场里，他们重新开始种植树木。转眼20年过去了，如今这里拥有250万棵树，成为巴西国家公园。“等这些树400岁的时候，它们将会达到该物种的演替顶极。也许从这里开始，我们可以衡量所谓永恒的意义。”
大地治愈了萨尔加多破碎绝望的心灵。丛林渐渐重生带来的喜悦，重新点燃了他的创作热情。
但他已经无法再继续以前的拍摄项目。于是他想到了一个新的主题——“自然”。他开始了长达8年的拍摄，从地球原始风景，到仍旧拒绝被驯化的古老野生生物，再到千百年来不曾改变生活方式的原始部落，他将项目取名《创世纪》。
最初很多朋友都在劝他，“不要改变自己的拍摄领域，你是社会纪实领域知名的摄影师，你现在却进入了风光摄影和动物摄影领域。”
他对朋友说，“但那里不会有死亡。”
最初他的想法是去揭示森林破坏或者海洋污染，“实际上这些都不重要。”后来他惊讶地发现，地球上几乎有一半区域仍然停留在创世纪之初的状态，渺无人烟的大片沙漠、南极洲和北半球的冰原、广阔的热带及温带森林、险峻的山脉，这些人类难以到达地区却存有原始世界的纯净。
《创世纪》计划起始于2004年的厄瓜多尔的加拉帕戈斯群岛。由于群岛气候和火山地貌形成的特殊自然环境，这里野生动植物种非常丰富，1835年达尔文曾到这里考察，后来提出了著名的生物进化论。
而萨尔加多想通过追寻达尔文当年的路线，用动物的视角去理解动物。
行走、轻型飞机、热气球、独木舟、雪橇，萨尔加多用了8年时间，从巴塔哥尼亚的寒冬到撒哈拉的烈日。他拍摄瓦尔德斯半岛的企鹅和海狮、巴西鳄鱼和美洲虎、埃塞俄比亚奥莫河谷、马达加斯加狐猴、堪察加半岛、苏门答腊以西明达威丛林、刚果的熔岩流、阿拉斯加冰川、南大西洋的鲸、茹鲁阿河、亚利桑那纪念碑山谷、福克兰群岛的黑眉信天翁。“当我们面对一个如此苍老的人，我们会感觉到一种无声的威望，岁月让它的面孔布满了皱纹，同时也让它获得了知识和学问。”萨尔加多希望通过这些照片，让人们去思考一种与自然和谐相处的传统生命方式。
海鬣蜥的爪子。世界上唯一一种能够在咸水中生活的蜥蜴（2004年摄于厄瓜多尔加拉帕戈斯群岛）
萨尔加多使用了以前纪实摄影时不曾使用的比拟和隐喻手法，在他的特写镜头里，露脊鲸就像矗立在海水中的巨大礁石，布满蕨类植物的森林好像泼彩绘画，凯门鳄如睡莲一般沉静地漂浮在水面上，海蜥蜴的利爪则若镶满珠宝的手套。通过这种特写，萨尔加多打破了纪实摄影要求拍摄对象与空间“和谐”的规则。他镜头下动植物和山石河流形成的张力，远远超过了对象自身的意义。
“在完成整个计划的过程中，我体会到以前认识的谬误，我们曾被告知，人类是唯一具有理性的物种，但其实所有物种都有自己的感知和智慧。”萨尔加多自己的内心改变了，“当我看着这只蜥蜴的足部特写时，我禁不住联想到一只中世纪武士的手，以及他们盔甲上的鳞片。看着这只手的构造，我仿佛觉得蜥蜴就是我的表亲，我们最初都是相同的细胞进化而来的。”
由此，感性知觉也使他的摄影方式改变了，但他依然坚持使用黑白摄影。“我不需要绿色来展现树叶，不需要蓝色来展现海洋或天空，黑色、白色和各种程度的灰色可以帮我集中拍摄对象的密度。”
萨尔加多想去寻找与原始自然的共处之道。他选择拍摄诸多至今依然以原始方式生活的部落，亚马逊丛林的部落、北极圈苔原地区的涅涅茨牧民和他们的驯鹿、布须曼人、新几内亚科罗威人的树屋、苏丹南部的丁卡牧牛人。
