MARTINI力场笔记

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其中r为原子对距离，ε(字母代考)与σ为势能参数，因原子的种类而异，具体可以查看陈正隆老师的分子模拟一书。在martini力场中统一为σ=0.47nm，除了两个特别的类rings和antifreeze以外,还有一个例外就是Q类型和大多数极性类型 ，其C1和C2 斥力σ范围扩展为0.62nm。这个变化利于带电粒子在非极性介质中利于生成水化层。完整的参数数据如下表：

除了LJ势能以外，电荷组（类型Q）还有完整的qi,j联系，通过库能势：

库能势与之前的比较准确性略有降低，主要是为了和之前的模型相比平衡增加的疏水强度。εr(字母代考)相对介电常数为15，与之前相比略微降低。

键联系：

键的描述和上一个版本相比没有升级，主要还是微弱的简谐振动提供的。此项在陈正隆老师的书籍版本中译为键伸缩势能项。平均键长与σ相同，为0.47nm，约束力为Kbond=1250Kj*mol-1，公式如下:

键角的简谐震荡项，参数依据为与全原子模型相互比较,计算公式如下：

一般情况下Kangle=25KJmol-1，θ0=180°，在涉及 cis double bond时，参数为Kangle=45KJmol-1（之前参数为35KJmol-1），θ0=120°，因为和全原子相比联系过于微弱。

蛋白的键联系:

蛋白的键长，键角，二面角和他们各自的力场约束统计起来作为键参数的参考。这些参数来源于PDB库中近2000个蛋白作为数据集。蛋白的二级结构来源于DSSP项目。计算的键长，键角和二面角如下图:

PDB数据库中的参数分布如下图:

环化物参数:

对于环化物，4个原子称为1个珠子是不怎么适用的，最佳为2个或者3个位1个珠子，具体可以查看文章中给的环己烷，苯环等的例子。由于会照成很大CG珠子密度，因此这些参数需要差别对待。特别的设置标签为“S”,其LJ势能的σ也是不同的，σ=0.43nm,ε(字母代考)缩小至75%。环的话 分子内的 LJ不适合该体系，而更换improper dihedral angle势来合理的解释。其公式如下:

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