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明穆宗任命一批大臣为教官，辅导他读书。朱翊钧学习非常用功。其母李氏教子非常严格。朱翊钧小时候稍有懈怠，李太后就将其召至面前长跪。没遇到早朝的时候，五更就到了朱翊钧的寝宫，早早将朱翊钧叫起。由于讲官的尽心辅导，李太后的严格管教，以及朱翊钧本人的刻苦努力，朱翊钧年渐长而学愈进。
隆庆六年（1572年）五月二十二日，明穆宗病危，三天后内阁大学士高拱、张居正、高仪被召入宫中。高拱等人进入寝宫东偏室，见明穆宗坐在御榻上，10岁的太子朱翊钧就立在御榻的右边。明穆宗抓住高拱的手，临危托孤，“以全国使先生劳累”。司礼监太监冯保宣读给太子朱翊钧的遗诏： “遗诏与皇太子。朕不行了，皇帝你做。”三位大学士受托之后，掩泪而出。五月二十六日，明穆宗即崩于乾清宫。六月初十，皇太子朱翊钧正式即位，次年改元万历。
万历皇帝继位伊始，大学士高拱马上呈进新政五事，要求其御门听政，亲答奏请，面见辅臣，议处要事，且一应章奏览后俱须发送内阁看详拟票，杜绝内批留中。可看出他对于幼年皇帝朝夕训诲的急迫心情，初衷未为不妥。然而当时正值主少国疑之际，“上冲年在疚，拱默受成于两宫，权不自制，惟恐外廷之擅”。
在读书方面，朱翊钧也是从一开始就坚持按照祖宗旧制，除明太祖朱元璋之外，像朱翊钧那样确实是不多见的。朱翊钧即位后，就按照内阁首辅张居正的建议，每天于太阳初出时就驾幸文华殿，听儒臣讲读经书。然后少息片刻，复回讲席，再读史书。至午饭完毕时始返回宫内。只有每月逢三、六、九常朝之日，才暂免讲读。
朱翊钧即位时，一个突出的问题就是内阁纷争倾轧，整个朝廷也没有能够挽回嘉靖一朝的积弊。这个社会问题，以后变得更为激烈。按照明穆宗的布置，高拱是外廷的顾命大臣中排名最前的。此前，司礼监掌印太监职位空缺，高拱先后推荐了陈洪、孟冲，就是不愿让冯保做掌印太监。
冯保此人知书达礼，又有文艺素养，所以很受明穆宗的喜爱。冯保利用皇权更迭之间的权力真空，通过遗诏驱逐了政敌孟冲，亲自任司礼监掌印太监。而此时的内阁首辅高拱也对冯保欲除之而后快，在高拱的授意下，工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保。由此，一场政治斗争势必不免，斗争中，冲突双方是冯保和高拱。
