正文
左边是我们看到的图像，右边是三角涡虫看到的图像
但这是一个好的开始，凹陷不但能保护脆弱的色素，更能大致区分光线的来源，这对趋利避害很有帮助。在此基础上，动物界用 5 亿多年的时间，平行发展了 40 到 60 个谱系，进化出了许许多多更加精致复杂的眼睛，尤其是脊索动物门的脊椎亚门、软体动物门的章鱼目和节肢动物门的昆虫纲，代表了视觉进化的三个顶峰——当然，也共用着高度相同的 PAX6 基因。
脊椎动物亚门，人的折射单眼
章鱼目，北太平洋巨型章鱼的折射单眼
昆虫纲，雄性四节蜉蝣的三只反射单眼（淡蓝色）和四只折射复眼（橙色和褐色）
问题集中于脊索动物门，我们眼睛的早期形态在文昌鱼身上体现得最多，也研究得最充分——文昌鱼虽然被称为“鱼”，但它属于头索亚门，远比鱼所在的脊椎亚门更接近脊索动物门的祖先，是难得的活化石物种。
文昌鱼，箭头所指的小黑点是“额眼”
文昌鱼身体含水量很高，非常透明，有一条卷入体内的神经索贯穿头尾，这条神经索两侧分布着许多感光细胞，其中含有视黑蛋白，对蓝光敏感。而脊椎动物的中枢神经系统，包括大脑和脊索，在胚胎发育上也都源自这条卷入体内的神经索，只是发达得多。视黑蛋白在我们身上与生物钟的昼夜节律有关。
妊娠四周的人胚胎，背部的细胞（神经板）正在向内卷（蓝色），它最终将会发展为中枢神经系统
特别的，在文昌鱼的神经索前端背面，受 PAX6 基因控制，还有一个较大的带色素的杯状凹陷，里面分布了两列感光细胞，我们称为“额眼”（Frontal eye）。这个结构与我们的双眼在进化上同源，其中的感光细胞与我们的视锥细胞和视杆细胞同源，带色素的凹陷与我们的视网膜上皮同源。
文昌鱼的几组感光器官，包括额眼（Frontal）、板层小体（lamellar body，可能与我们的松果腺同源）、约瑟夫细胞（Joseph Cell）和背单眼（dorsal ocelli）
