ceRNA研究从何起？3种精确度预测lncRNA和miRNA结合

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研究ceRNA的第一步是寻找目的lncRNA可能结合的miRNA，今天，我们就介绍两个在线网站，使用它们，可以分别从三个层面（预测；实验辅助预测；实验证明，精确度逐步上升）搜索感兴趣的lncRNA可能结合的miRNA，助大家开启ceRNA研究的第一步。

以最早发现功能的lncRNA HOTAIR为例，带大家看看怎么寻找与lncRNA结合的miRNA。

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预测

预测使用到的是DIANA数据库下的在线网站，链接如下：

http://carolina.imis.athenainnovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex-predicted

数据库原文发表在Nucl. Acids Res上

Maria D. Paraskevopoulou, Ioannis S. Vlachos, Dimitra Karagkouni, Georgios Georgakilas, Ilias Kanellos, Thanasis Vergoulis, Konstantinos Zagganas, Panayiotis Tsanakas, Evangelos Floros, Theodore Dalamagas, and Artemis G. Hatzigeorgiou "DIANA-LncBase v2: indexing microRNA targets on non-coding transcripts" Nucl. Acids Res. (2016) gkv1270

进入网站后出现以下界面（以下图片点击可看大图）：

网站分别可以通过miRNA，lncRNA和基因座位预测结合位点，因为我们需要预测HOTAIR的结合，需要在lncRNA的框里输入，由下面可知，需要把注释格式换成Ensemble ID，于是我们登陆ensemble的网站http://www.ensembl.org进行查询：

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