Biostar：课程25、26

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# 我们的基因组文件（ genome.txt）

KM034562    18959

# 没有链特异性的运算

bedtools slop -i demo.bed -g genome.txt -l 10 -r 0

# 有链特异性的运算

bedtools slop -i demo.bed -g genome.txt -l 10 -r 0 -s

# 把BED转成对应的GFF

# 这并非是真的正确地把BED转成GFF。

cat demo.bed | bioawk -c bed '{print $chrom, ".", ".", $start+1, $end, $score, $strand, ".", "." }' > demo.gff

# 看！它与其他格式可以很好地协同工作！那怎么可能呢？好神奇！

bedtools slop -i demo.gff -g genome.txt -l 10 -r 0 -s

# 两侧的运算。把结果重定向到一个文件中。

bedtools flank -i demo.gff -g genome.txt -l 10 -r 0 -s > flank.gff

# 填充运算。

bedtools complement -i demo.gff -g genome.txt > complement.gff

# 获取埃博拉基因组。

#* KM034562.gb文件在之前的课程其实已经有给过大家了。

#* 或者也可在这里下载， 链接：https://share.weiyun.com/e880cca38636c8d90780fb487050bf3d （密码：HhCUk9）

efetch -id KM034562 -format gb -db nucleotide > KM034562.gb
readseq -format=FASTA -o ~/refs/852/KM034562.fa KM034562.gb
readseq -format=GFF -o KM034562.gff KM034562.gb

# 看一下提示，这个工具可以用于哪些格式。

bioawk -c help

# 从整个文件中提取基因。

cat KM034562.gff | bioawk -c gff ' $feature=="gene" { print $0 } ' > genes.gff

# 序列提取。 获取与间隔相对应的序列。

bedtools flank -i genes.gff -g genome.txt -l 10 -r 0 -s > flank.gff

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