生物分子交互作用与cytoscape (一)

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利用该软件构建网络的效果图如下：

左边这幅是我们用其构建的上位性网络的图片，右边这幅表示基因互作网络。

作图之前，为了对该软件的数据有一个清晰的认识，我们先来了解一下网络的基本知识。

网络分有向网络和无向网络。两者的区别就是有无互作方向。有向网络可以表示基因的转录调控，可以是实验验证的生物学通路上下游关系，也可以使 Chip-seq 的结果，也可以是数据库已知的结果。

Ø TRANSFAC 数据库

http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

TRANSFAC 数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点的数据库。

Ø TRRD 数据库

（ http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ ）

Ø RegulonDB 数据库

（ http://regulondb.ccg.unam.mx/

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