正文
）
和
ENCODE
（
https://www.encodeproject.org
）
数据里基于
ChIP-seq
的
TF-DNA
结合数据
查找实验支持的
TF-
靶基因关系
，不过这两个数据可能需要一些相关基础知识。随后在
敲低
A
的表达进行测序分析
，
将其中显著下调的基因列表与网站预测的基因列表进行交集处理，再结合表型机制调研和交集基因的背景调研，选择较为新颖的基因作为靶蛋白进行后续研究
，如果没有测序数据只能
依赖于背景调研然后后续进行验证选择
。另一个比较直接的方法是进行
染色质免疫沉淀测序（
ChIP-seq
）
，直接检测转录因子在基因组上的结合位点
，但
ChIP-seq
得到的也是一系列可能的基因，最终还是要结合转录组测序数据选择可能性更大的靶基因，从性价比上来说利用网站更划算，不过
ChIP-seq
数据更可靠，毕竟网站上没有的实际上可能存在。
2
、从靶基因筛选转录因子
一般对于靶基因的研究有两个方向，一是
上游机制即靶基因为什么升高
，二是下游机制即
靶蛋白的表达为什么会影响表型
，通常对于高分期刊来说两方面都是需要研究的。前者就需要我们根据靶基因筛选转录调控因子。目前寻找转录因子最常用的方法还是
数据库查找
，上面说的数据库
hTFtarget
和
TRRUST
也可以查询调控靶基因的转录因子，比较麻烦但更全面的方法是使用上述中的
JASPAR motif + FIMO
，基于位置频率矩阵扫描目标基因启动子序列，比如富集到
E2F1
、
NF-
κ
B
等
motifs
，提示它们可能是调控该基因集的
TF
，或者使用
ChEA3
在已有
TF
→
gene
数据库中找哪些
TF
的靶基因显著富集在你的靶基因列表中。
利用
qPCR
、
WB
