专栏名称: 生信杂谈
生物信息学;生物信息;计算机辅助药物设计;测序分析;Python;R;机器学习;论文写作;网站制作;LOL;dota2。
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生信杂谈  · 公众号  ·  · 2017-09-07 15:21

正文

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color blue, all
#所有颜色标记为blue
color blue, * hide hydro
#所有氢原子都隐藏
hide h. show spheres, hetatom
#所有定义为HETATOMS的原子
show spheres, het

特征选择

—匹配参数选择— —短字符— —例子和解释—
symbol e. 一到两个化学特征字符 select polar,symbol O+N
name n. 最高4个字符的蛋白或者核酸原子 select carbons,name CA+CB+CG+CD
resn r. 残基名 select aas, resn ASP+GLU+ASN 核酸名 select bases,resn A+G
resi i. 残基编号 select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10
alt alt alternate-conformation-identifier-list select altconf,alt A+""
chain c. 选择相应的链 select firstch,chain A
segi s. 选择片段特征 select ligand,segi lig
flag f. 从0到31的单整数 select f1,flag 0
numeric_type nt. 单个整数 select typel, nt. 5
text_type tt. type-string select subset,text_type HA+HC
id id 单整数外部索引 select idno,id 23
index idx. 单整数内部索引 select intid,index 11
ss ss 二级结构 select allstrs,ss H+S+L+""

数字选择表

—数字选择— —短字符— —参数和例子—
b b beta因子 select fuzzy,b>10
q q 占有率值 select lowcharges,q>0.50
formal_charge fc. 形成电荷值 select doubles,fc.=-1
partial_charge pc. 部分电荷值 select hicharges,pc.>1
# 例子






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