#分子模拟# PRODIGY 预测蛋白蛋白亲和力工具

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Interactor 主要是就是输入相互作用的列啦，这个比较好理解，后面就是预测的相互作用温度，默认25度。

可能相较于设置可能大家更加关注于输出文件提供的内容，主要提供如下输出内容:
1.预测亲和力的值（ΔG）单位为kcal/mol
2.计算解离常数Kd，单位为摩尔M
3.分子内的联系数量(ICs),阈值为5.5埃
4.复合物相互作用表面（NIS%）的电荷与极性百分比
5.txt的联系残基表以及Pymol显示文件

具体例子如下:

可以看一下其给的数据集与预测值的分析:

相关性达到了0.73，表现还是挺不错的，但是其并没有做无法结合的 两个蛋白之间的亲和力预测，是否有筛选作用 ，个人猜测可能效果不理想。

表面联系的Pymol示意图：

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