有些裁判重点基于企业之间的关联关系判断是否允许商标共存。如在上海幻电信息科技有限公司与国家知识产权局行政纠纷案中，法院认为：“引证商标三现权利人与原告系关联公司，实际控制人相同，且双方已对引证商标三与诉争商标的共存达成协议，故本院对原告主张引证商标三已不再构成诉争商标注册的权利障碍的理由予以采信。”
有些裁判不予准许协议共存，理由通常是商标高度近似、共存协议不能排除市场混淆和损害消费者利益。如在史密斯卡歌福股份有限公司与国家知识产权局行政纠纷案中，最高人民法院认为：“商标注册审查制度应当实现相关公众准确识别或区分商品来源的基本目的。诉争商标与引证商标权利人之间虽可签订商标共存协议，但不能影响商标法律制度的基本功能。在诉争商标与引证商标业已构成近似的情况下，不能援引共存协议排除前述法律规定的适用。”在微软公司与国家知识产权局商标申请驳回复审行政纠纷案中，最高人民法院认为，《商标法》第30条通过排除相同或近似商标共存于类似商品或服务之上，避免产生市场混淆的后果。判断两个商标的共存是否可能导致混淆，需要考量商标标识的近似程度、商品的类似程度、商标的显著性和知名度以及相关公众的注意程度等多项因素。有关商标的权利人形成的共存意愿，虽然可以作为判断是否可能导致混淆的考量因素，但并不能直接排除《商标法》第30条的适用。虽然微软公司补充提交了与部分引证商标权利人签订的共存协议，但在商标标识及商品服务类别近似程度较高的情况下，仅有商标申请人和在先权利人相互容忍的主观意思表示，并不能当然地排除市场混淆的可能性。艾维比梅特科斯有限责任公司与国家知识产权局行政纠纷案、广州依妙实业有限公司与国家知识产权局行政纠纷案等与该案情况类似。
以上涉及协议商标共存的裁判标准和理由并不一致。首先，是否允许协议共存通常都是由于对共存观念理解的差异，如立足于商标权还是消费者保护及由此延伸的公共利益，案件事实未必有实质性差异。其次，允许商标共存存在不同的裁判理由，有些纯粹基于私权自治而不再考虑混淆性因素，是一种彻底的承认态度；有些则是形式上遵循《商标法》第30条的字面规定，基于共存协议对商标近似作不混淆的解释，事实认定和裁判理由有一定的掩饰性成分。最后，现有裁判通常并未直面允许共存的实际混淆可能性，即并未正面表达解决商标共存是对混淆性近似商标的处置，本质上回避了商标共存问题的实质。当然，更多的判决是在既有法律框架内进行的变通性裁判，但久而久之的名实不符会导致裁判标准和理由的扭曲和不稳定。解决之道仍然是在厘清和回归商标共存本质的基础上构建稳定的司法标准，最好是通过修订法律彻底解决这个问题。
商标授权确权中禁止商标共存是原则，允许商标共存是例外。禁止商标共存针对的是混淆性近似商标，而商标共存并不以消除共存商标之间的市场混淆为基础，而是例外情况下允许混淆性近似商标共存。商标共存虽然是一种例外，但在制度层面上协议共存不应是一种零星的、偶然的、孤立的策略性个案处置，可以将其定位于一项有意的、稳定的、理性的、类型化的制度选择。
（一）当前实践中的商标共存是夹缝中的非制度性安排
《商标法》第30条禁止商标共存原则未设定允许共存的例外，商标授权确权实践中又有共存的现实需求，当前允许共存只能是“曲线救国”和“寄人篱下”，在第30条裁量性因素的夹缝中寻求出路，难以进行堂而皇之的制度构建。这种非制度化的处置具有随机性、易争议性和不稳定性。即便《北京高院指南》第15.10—15.12条已经进行了制度性设计，但在执行中仍然未能达到坚定不移，有时受到质疑。这可以从共存协议效力判定的不同态度中得到印证。
商标共存的实质是共存协议能否消除《商标法》第30条规定的禁止注册规定，使争议商标得以注册。商标共存协议消除禁止注册事由的方式有两种：一种是视《商标法》第30条为任意性规定，将商标共存协议作为当事人之间的“另有约定”，以约定排除该条的适用。这明显不符合第30条规定的文义，法院对此亦未予认可。如在史密斯卡歌福股份有限公司与国家知识产权局行政纠纷案中，最高人民法院认为：“在诉争商标与引证商标业已构成近似的情况下，不能援引共存协议排除前述法律规定的适用。”另一种是以商标共存协议作为无混淆之虞的证据，据此认定争议商标与引证商标不近似，从而使《商标法》第30条不适用于争议商标。司法实践对共存协议与混淆之虞因果关系的具体认定存在不同做法：一种是将共存协议作为排除混淆之虞的充分要件；另一种是将商标共存协议作为无混淆之虞和商标不近似的考量因素之一，而非决定性证据，需要结合在案其他因素综合予以认定。无论如何，在商标近似的认定范围内解决商标共存问题，只是一种权宜性变通之路，且导致了实践中认识不一和具体适用态度不稳定。如在准许共存的情况下共存商标被视为不近似而并非实际上的不近似，且共存协议通常不是允许共存的参考因素而是决定性因素，或者虽说是参考因素但实际上作为决定性因素。这些名实不符的认定更多是一种法律拟制。
《商标法》第30条规定的商标近似是一个裁量性的弹性概念，其认定是按照一定的规则（隔离观察、比较主要部分等）并比对商标构成要素是否近似以及是否容易导致混淆，因而又是一种混淆性近似。仅就混淆而言，如在史密斯卡歌福股份有限公司与国家知识产权局行政纠纷案中，最高人民法院认为，判断两商标的共存是否可能导致混淆，需要考量商标标识的近似程度、商品的类似程度、商标的显著性和知名度以及相关公众的注意程度等多项因素。涉及协议性商标共存的案件通常都是商标构成要素近似而容易产生混淆，但因为有共存协议，产生了如何对待共存协议以及是否允许合意共存的问题。如果确属按照常规的判断仍可以决定是否构成混淆性近似，则性质上仍属于禁止商标共存的常规适用问题；如果按照常规判断应当构成混淆性商标近似，但因共存协议而意欲认定为不构成混淆性商标近似，则属于赋予共存协议特别作用，承认此种共存为不适用禁止商标共存的例外情形。前者不是真正的商标共存问题，没有法律适用的障碍，也不需要变通法律适用；后者才是真正的商标共存问题，此时共存协议并不真正实际具有阻却混淆的作用，只是将其作为排除市场混淆等的裁判理由，实际是为适用《商标法》第30条寻找借口，本质上属于创设一种隐形的例外。
（二）商标共存根本上是制度的选择和创设问题
商标共存是操作性问题还是制度选择问题涉及对商标共存的法律制度定位是否到位。如果是操作性问题，商标共存只是就事论事地解决特殊问题，不关注类型化，不进行关联性制度设计，因而具有随机性和缺乏稳定性。操作性问题属于个案酌处，不会产生较强的法律效果。制度性问题涉及类型化、体系化、稳定性和可复制性，具有较强的法律效果。商标共存问题之所以先由司法在个案裁判中自发认可、后上升为规范性意见并持续引起关注，根本上是源于商标共存的实践需求，需要通过制度化加以解决。因此，商标共存应是一种重要的制度选择，而不应是随机的个案处理。
协议型商标共存以共存协议为纽带，可以类型化和制度化。当前承认共存协议的司法裁判有其不尽相同的裁判理由，但都是以共存协议为基点和核心。有些裁判是基于商标私权自治正面承认商标共存（如良子商标案），更多裁判是以共存协议为考量因素或者触发点，通过将其导入混淆性近似判断的路径迂回地承认商标共存。不论名义上将商标共存协议作为何种参考因素，实质上商标共存协议仍是决定混淆性近似判断结论的基础。不论是直接地还是迂回地承认协议商标共存，是否承认协议商标共存显然不是一个具体认定是否符合商标混淆性近似的常规判断结果，而是为了承认商标共存而假混淆性近似判断之路，且是为承认商标共存而改造混淆性近似判断结论。因此，是否承认共存协议的商标共存不是一个商标近似判断的操作性技术问题，而首先是制度的选择和创设问题。
在当前的商标共存实践中，由于承认协议共存会面临《商标法》第30条商标近似的法律障碍，需要通过解释认定其不构成近似。此时的混淆性近似判断是结果取向，即结论已先定，是否近似只是一个操作技术问题。操作性方法服务和服从于结果取向，其中的推理过程其实是障眼法。这是结果取向裁判的惯常路径，但只要商标共存制度层面的底层逻辑不解决，总会存在解释适用上的明显不协调。
（三）商标共存制度的本意是例外地允许混淆性共存
在特殊情况下承认商标共存使商标共存制度具有两层含义，即原则上禁止商标共存，例外地承认商标共存，原则与例外构成了商标共存制度的完整含义。相对于禁止商标共存原则，例外商标共存虽然只是少数的特殊情形，但仍可以被类型化而成为一种制度设计，即禁止商标共存的例外制度。
2010年前后，最高人民法院注意到实践中的商标共存问题，在司法文件中进行了指引。这些司法文件的总体思路是，商标制度以促进品牌发展为目标，商标之间应当尽可能有明显的区分，为品牌发展创造足够的空间。但是，如果因市场格局的形成而具有可区分性等原因，可以允许商标共存。这些司法文件体现了商标共存在禁止与允许上的原则和例外关系。原则与例外恰恰是构建商标共存制度的基础。
由于《商标法》第30条字面含义上禁止商标共存，因而当前实践中只能通过变通法律解释的方式允许商标共存，尤其是将共存协议作为不构成混淆性近似的初步证据和考量因素，据此认定为不构成商标近似。如《北京高院指南》第15.10条规定，“判断诉争商标与引证商标是否构成近似商标，共存协议可以作为排除混淆的初步证据”；第15.12条规定，“引证商标与诉争商标的商标标志近似，使用在相同或者类似商品上，引证商标权利人出具共存协议的，在无其他证据证明诉争商标与引证商标的共存足以导致相关公众对商品来源发生混淆的情况下，可以认定诉争商标与引证商标不构成近似商标。引证商标权利人出具共存协议后，以诉争商标与引证商标构成近似商标为由，提起不予注册异议或者请求无效宣告的，不予支持，但该协议依法无效或者被撤销的除外”。既然是绕开的和变通的法律适用，必然具有拟制性成分，如事实上不太可能避免市场混淆，或者因为共存协议的存在对是否构成混淆不再作实质性考究，并不是真实发生或真正相信一有共存协议就不会产生市场混淆，绕开和变通法律适用的目的符合《商标法》第30条的字面规定。而且，商标所有人的认识毕竟通常不是是否构成混淆的考量因素，正如在商标侵权判断中当事人认为混淆或者不混淆通常不影响混淆性认定。这种混淆性认定的悖论正是司法态度摇摆和争论的原因，即支持商标共存的裁判以共存协议为由认定不构成混淆性近似，否认商标共存的裁判则认为共存协议不能避免市场混淆而不能排除构成混淆性近似。分歧的原因不是混淆性近似的判断标准不同，而是对商标共存和共存协议的预定态度与司法选择的不同。
协议共存本质上是允许混淆性近似商标因协议而共存，共存协议并不具有消除混淆的真实意义，或者说本来不应定位于消除混淆，而是例外地允许混淆性近似商标共存。当前以共存协议可以消除或者不构成混淆作为准予近似商标共存的依据，实质是为了符合《商标法》第30条的字面规定而进行的一种“自欺欺人”的不混淆拟制。如果确实因为共存协议而消除了商标混淆，此类商标共存即完全实质性符合《商标法》第30条的规定，此时即属于不构成商标近似的一种具体认定，没必要花费大量笔墨论证其不混淆，也就不会出现能否共存的争议；或者说所涉问题不再称其为商标共存问题，也没有必要进行商标共存的制度构建，商标共存没必要成为一种特殊制度和例外。国内外立法和司法之所以允许商标共存，就是为了构建一种例外允许的混淆性商标共存制度。
即便在授权确权过程中尽可能区分共存商标，也无非是在不可能完全区分的情况下减轻混淆的程度，并非真正能够彻底消除混淆。当前当事人以细化区分性使用方案等承诺作为共存商标使用的限制性条件，更多是在既定的法律条件下，有助于证明其不会混淆，更易为有些裁判所支持。不论这种承诺的实际区分作用如何，只要这些承诺并未在商标授权的公示文件中载明，就不具有限制商标权的商标法意义，充其量只是当事人之间的合同约定，难以作为商标共存正当性的支撑基础。在后商标注册人获得注册后不遵守协议约定而行使商标注册证上的权利，并不影响其商标法意义上的权利行使。因此，如果以约定限制使用为由准许共存，多少有点“自欺欺人”“自我安慰”，并不是商标授权的公示性和赋权性制度安排的立身之本。
这些细化方案事实上未必能消除法院对共存问题的疑虑。如在株式会社博米乐与国家工商行政管理总局商标评审委员会行政纠纷案中，法院认为，“《同意书》的内容是附条件的协议，条件是株式会社博米乐承诺不在‘眼科相关医疗或诊所服务’领域使用申请商标，但尚无证据证明该条件已经真实成就从而使得协议中的共存内容生效。本案两商标核定或指定使用的服务为医疗相关服务，直接关系相关公众的健康和公共利益，法院应当慎重对待共存协议，防止因商标标志近似引起相关公众对服务来源的混淆的可能性出现”。因此，即使修订或者解释法律承认商标共存例外，也应当建立于允许混淆性近似商标共存的基点之上；即使附加当事人在使用中应尽量区分的条件要求，该要求也只是一种附带性制度安排。
