正文
近代科学兴起，摒弃动辄作全面概括构造体系的方法。培根在分析“种族假象”时认为，“人的理性是贪婪的”，固有一种概括欲，在尚未掌握充分材料前就想提出终极因来解释一切。正是在这一意义上，丹皮尔正确地指出，“近代物理学大师们的真正希腊始祖并不是百科全书式的哲学家亚里士多德，而是作为几何学家和物理学家的阿基米德”①。
罗素论证道，“从事新发现其乐无穷，而体系乃是从事新发现的死敌”②，只有“丢掉理性的全面综合这条镀金锁链”，才能“自由而谦恭地接受事实”③。近代科学不再作宏伟构思，走上了分析之路。达芬奇认为，自然的发展是从简单走向复杂，因而研究就是要从复杂走向简单，以认清因果关系。笛卡儿要求“把要考察的每一个难题都尽可能地分成细小的部分”。正是应用分析方法，近代科学获得了巨大成功。
随着自然界被越分越细，部分与部分之间的联系开始显现，科学家在若干领域开始使用综合方法并取得成果，如能量守衡与转化定律、有机结构理论、周期表等。20世纪以来，综合方法进一步得到广泛应用。原子模型、量子化学、DNA双螺旋模型，等等，甚至相对论，都是主要或在一定程度上应用了综合方法的成果。在近代科学中被“分成细小的部分”正在综合起来，20世纪科学的特点之一就是一体化。
一体化表现在三个方面：其一，各门学科在研究中日益贯穿整体观点：如物理学中统一物理学的努力，在化学中强调整体的分子轨道理论受到更多重视，生物学由离体研究转向体内研究，在地质学中，由大陆漂移说与海底扩张说的综合而形成板块理论，生态学的研究从个体到群体，并要求放到生态环境之中。各门学科都要求在整个宇宙的背景中来考察自己的研究对象。
系统论
一体化表现在三个方面：其一，各门学科在研究中日益贯穿整体观点：如物理学中统一物理学的努力，在化学中强调整体的分子轨道理论受到更多重视，生物学由离体研究转向体内研究，在地质学中，由大陆漂移说与海底扩张说的综合而形成板块理论，生态学的研究从个体到群体，并要求放到生态环境之中。各门学科都要求在整个宇宙的背景中来考察自己的研究对象。
其二，各门学科因彼此间的渗透而趋于联成一个统一的整体，所谓“复姓”学科越来越多即是明证，如物理化学、生物医学电子工程等等。最重要的渗透是沿着量子阶梯的垂直方向的渗透，物理学向化学、化学向生物学、生物学又向心理学、人类学和社会学渗透。早在上一世纪初，普朗克就曾精辟地指出，“存在着由物理学到化学，通过生物学和人类学到社会科学的连续的链条，这是一条在任何一处都不能被打断的链条。难道这仅仅是臆想吗？”的确，分别研究量子阶梯上各个层次的学科趋于联成一个新的包罗万象的体系，共同研究作为整体的自然界。
其三，出现强调整体的横断学科——三论。三论不属于任何经典领域，没有特定研究对象。三论不讨论对象内部的组成和结构，而是把对象视为系统，研究其通过控制而达到稳定或实现目的的机制，以及在这一过程中的信息流。因而三论本身兼有本体论特征和方法论的功能。三论不仅把对象综合起来，而且也把三论出现之前的各种方法综合起来，在分析的同时综合，归纳的同时演绎。
科学的认识方法由原始的综合经近代的分析走向现代的综合。认识方法的这一发展规律大致对应于上述本体论分析中的与研究对象的发展由一致经相反再到一致。
远古时期主客体不分。
到古代，古希腊哲学认定有一个独立于人的存在，大多数民族仍停留于主客体不分的状态。在近代科学革命中，伽利略区分第一性和第二性，色香味等完全是主观的产物，与客体截然无关，“仅仅有感觉的肉体中；因此，如果把动物拿走，一切这样的质也就消除了或消灭了”。1616年，伽利略在罗马法庭上的辩护词进一步说明了这一点：“从事实验科学的教授们并无力量可以随意更改他们的见解，以及左右摇摆”。可以改变契约、合同、票证或商业的见解，“但不能以同样的力量去改变关于自然与天体事项的实验结论”④。在笛卡儿看来，物是真正死的东西，除了在开始时从上帝得到的运动之外，物体不能再有其他活动。培根则表示，“目的因，除了涉及人的行动的那些之外，并不能推动科学而只足以破坏科学”⑤，物体不再用它那富于诗意的感性光辉向人的全身心发出微笑（马克思）。从此，人就站到在自然界的对立面，研究其中没有人的自然，在关于自然的知识中排除任何主观因素。
在17-19世纪近代科学的发展中，各门学科就是沿着这条道路而从文化背景中分离出来。留意一下分离的次序是耐人寻味的。如果从古希腊算起，首先分离的是几何学和力学，17世纪还是力学，18世纪化学，19世纪地质学和生物学。距离人越近的学科，主客体分离走向客观的时间越迟。当时的生物学被认为“是一门年轻而渗有人类自我意识的科学”⑥，宗教、浪漫主义、自然哲学，以及启蒙运动等都试图影响生物学并得出对自己有利的解释。虽然如此，包括生物学在内的各门科学正是在主客体分离之后才获得丰硕成果。
