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几十年后的事实证明，梁思成的判断惊人的准确。但在当时，他的方案受到严厉批判，被指责为与苏联专家“分庭抗礼”，设计新行政中心是“企图否定”天安门作为全国人民向往的政治中心。
在旧城建行政中心，拆除“碍事”的城墙就几乎成为必然。为了保护城墙，梁思成不断上书，向领导人请求，与“拆墙派”辩论。
“城墙上面，平均宽度约十米以上，可以砌花池，栽植丁香、蔷薇一类的灌木，或铺些草地，种植草花，再安放些园椅。夏季黄昏，可供数十万人的纳凉游息。秋高气爽的时节，登高远眺，俯视全城，西北苍苍的西山，东南无际的平原，居住于城市的人民可以这样接近大自然，胸襟壮阔”梁思成用充满诗意的语言写下
“环城立体公园”的方案
，饱含感情。
时任北京市副市长的吴晗力主拆城墙，性情温和的梁思成与他发生了激烈的争论。据当年在国务院工作的方骥回忆，“记得有一次，吴晗同志竟站起来说：‘您是老保守，将来北京城到处建起高楼大厦，您这些牌坊、宫门在高楼包围下岂不都成了鸡笼、鸟舍，有什么文物鉴赏价值可言！’气得梁先生当场痛哭失声。” 1953年的一个夏夜，林徽因与吴晗也发生了一次面对面的冲突，她指着吴晗的鼻子，大声谴责。同济大学教授陈从周回忆道，虽然那时林徽因肺病已重，喉音失嗓，“然而在她的神情与气氛中，真是句句是深情。”
拆历代帝王庙的牌楼时，由于梁思成的坚持，周恩来不得不亲自出面找他做工作。梁与周恳谈了几乎两个小时，并极动感情地描述了帝王庙牌楼在夕阳斜照，渐落西山时的美丽景象。周恩来则以“夕阳无限好，只是近黄昏”作答。中国文物学会会长罗哲文回忆：“拆历代帝王庙的牌楼，梁思成先生痛哭了好几天。”
毛泽东给梁思成的表现定了这样的调子：“北京拆牌楼，城门打洞也哭鼻子。这是政治问题。”
批判接踵而至，但对于梁思成来说，最大的打击是林徽因的去世。
林徽因为保护古城用尽自己生命的最后精力。1954年，她已经病的很重，拖着颤巍巍的身子去找彭真辩论。1955年4月1日凌晨，林徽因在昏迷中离开人世，梁思成握着她的手放声痛哭，喃喃自语：“受罪呀，徽，你真受罪呀……”
1956年，随着城市建设的展开，一些单位开始从城墙上拆取建筑材料。同年7月16日，报纸刊登了署名汗夫的《拆除和兴建》一文，对梁思成等作了不点名批评：“去年，东西四牌楼拆除的时候，听说有人心疼得一夜睡不着觉”。
1957年，实在看不下去眼的梁思成在3月的北京市人民委员会议上发言说：“听说有关方面在修筑道路中要拆东直门城楼，我看要好好考虑，这个城楼是现在北京留下来唯一明朝楠木建筑物。1934年，袁良任北京市长的时候，有一个日本木匠见到是古代楠木建筑，愿意补贴两万元进行维修。人们不要把这些东西只当作古董看待，它们在城市中起着装饰的作用。”后果可想而知，东直门城楼没有保住，梁思成在紧接着的反右、思想改造运动中违心做检查，他写了很有名的一篇文章《我为谁服务了二十年》，称自己“一方面走到反动统治集团的外围，成了可供他们驱使的工具；另一方面，我又接近了美帝国主义侵略中国的‘文化人’，被敌人拉拢，为他们的侵略政策服务。”刚正的梁思成本不是容易自毁的人，但严酷的政治斗争环境下，一个书生有什么更好的选择？
1958年毛泽东等审查北京天安门广场建设规划模型。左起彭真、毛泽东、李富春、万里、周恩来
1966年，梁思成被“文革”风暴打倒。一张大字报给这位“反动学术权威”画了一幅漫画——脖子上挂着北京城墙，下书他的那句赞叹：“我们北京的城墙，更应称为一串光彩耀目的璎珞了。”
善良的梁思成怎么也没有想到，自己精心培养、视为儿女的学生们竟然一夜之间变成了凶神恶煞般的革命小将，他被勒令一遍遍交待自己的“罪行”。年过六旬的梁思成在很长的一段时间内，只要出门就必须在脖子上挂上一块巨大的黑牌子，上面用白字写着“反动学术权威梁思成”，名字上还划了一个大大的叉。工作停了，工资停发，全家老少被赶到清华大学北院一间没有水暖的小平房中生活，梁思成多年以来收藏的艺术珍品在无数次抄家中损失殆尽。为了保护梁思成的文稿，包括《营造法式》，梁思成的第二位夫人林洙冒险把它们交给了保姆李阿姨——一位出身贫农的善良老人，最终这批珍贵的稿子逃脱劫难，完整保存下来。
