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就在这里,等你来用——微生物扩增子常用数据库

生信圈  · 公众号  ·  · 2017-12-28 21:00

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2 Silvia 数据库


Silvia数据库(官网:https://www.arb-silva.de/)是一个包含三域微生物(细菌,古菌,真核)rRNA基因序列的综合数据库。其数据库涵盖了原核和真核微生物的小亚基rRNA基因序列(简称SSU,即16S和18SrRNA)和大亚基rRNA基因序列(简称LSU,即23S和28SrRNA),更新频繁,目前其最新版本为SILVA SSU and SU databases 128(下载链接:https://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_128/),更新时间为2016年9月29日。由于是最大最全的数据库,其缺点是假阳性会更高。另一方面,它的物种注释采用的是14层级,且与常用的七级不同,不能转化和比较。现也有在线分析工具—SilvaNGS。

3 Unite 数据库


ITS(全称ribosomal internal transcribed spacer,核糖体基因内转录间隔区)是最常用的真菌鉴定及多样性检测的marker基因,Unite数据库(官网:https://unite.ut.ee/)是专门针对真菌ITS序列的数据库。UNITE常作为ITS序列高通量测序后对真菌进行分类注释的比对数据库,目前数据库已经更新到7.2(下载链接:https://unite.ut.ee/repository.php),更新时间为2017年6月8日。







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