美国奶牛惊现高致病性禽流感，传播源头和风险在哪？

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Fig. 2，展示 H5N1 2.3.4.4b 在北美引入和出现在美国奶牛前后的进化历史，包括 HA 基因的贝叶斯时间尺度系统发育树等，帮助读者理解病毒的进化关系 ）。

1. 传播至其他物种 ：系统发育树拓扑结构显示，病毒在奶牛群体中持续存在，并传播至家禽和其他家养动物物种 。贝叶斯离散状态分析也证实了 HPAI 病毒从奶牛传播到其他宿主的情况。不过，由于监测数据不完整，无法排除病毒在未采样地点和未知宿主中传播的可能性（ Fig. 3，其展示了 Bayes 因子和后验概率，以证明不同宿主物种或美国不同州之间病毒传播的频率和支持度，辅助读者理解病毒在不同宿主间的传播情况 ）。

   

2. 候鸟群体中的重组 ：2022 年 1 月至 2024 年 4 月，大量商业和后院家禽群检测出 HPAI 病毒 。候鸟的迁徙导致 2.3.4.4b 病毒在不同地区传播，并与北美野生鸟类的低致病性禽流感病毒（LPAIVs）发生广泛的基因重组 。在奶牛感染事件之前，可能发生了涉及不同 PB2 和 NP 基因的重组事件，产生了 B3.13 基因型病毒 。这种重组可能导致病毒表型改变，使其能够在奶牛中出现和传播，但目前缺乏相关表型数据支持这一观点。

五、病毒传播与低频基因组变异

1. 病毒随奶牛移动传播 ：流行病学记录和系统发育动力学模型表明，无症状或症状前的奶牛移动是病毒在美国传播的重要因素 。例如，有记录显示奶牛从德克萨斯州被运往其他州，随后这些州也出现了病毒感染情况 。系统发育分析也证实了病毒在不同州之间的传播路径，如从德克萨斯州传播到堪萨斯州、密歇根州和新墨西哥州等（ 结合文中相关文字描述和 Fig. 1，进一步强调动物移动与病毒传播之间的关联，让读者清晰了解病毒在不同地区的传播轨迹 ）。

2. 低频基因组变异与宿主内进化 ：研究人员分析了大量奶牛病毒全基因组数据，发现了一些低频的宿主内序列变异 。这些变异涉及多个基因，与病毒的毒力、宿主范围特异性和哺乳动物适应性变化有关 。例如，在 HA、MP、NP 和 PB2 等基因中检测到与毒力相关的变异，在 PB2 基因中检测到与哺乳动物适应性相关的变异 。部分低频变异在后续样本中频率有所增加，这可能反映了病毒的进化或表型变化 。此外，通过计算同义位点和非同义位点的比率，发现病毒群体倾向于表现出弱净化选择（ 文中的相关表格，如 Table 1，展示在牛中分离出的 H5N1 2.3.4.4b 毒株中检测到的与宿主适应和毒力相关的序列变异，使读者能直观看到具体的变异信息 ）。

   

六、讨论

HPAI H5N1 基因型 B3.13 病毒在奶牛中的传播对人类健康构成了潜在威胁，因为已经出现了奶牛传人的事件，且病毒在美国持续存在 。感染病毒的奶牛可能会在 2 - 3 周内排出病毒，增加了人畜共患传播的风险 。虽然目前该病毒在奶牛中的传播有限，且在候鸟中很少检测到，但由于奶牛场可能存在其他易感动物，如猪和火鸡，它们之间的共感染可能导致病毒重组，产生具有更高人畜共患潜力的新毒株 。因此，对奶牛和其他农业动物进行监测对于评估未来风险和提供早期预警至关重要。

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