专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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你还在用韦恩图可视化集合么?

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2017-06-30 18:14

正文

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  1. 表格形式,在R语言里就是数据框了。行表示元素,列表示数据集分配和额外信息。

  2. 元素名的集合(没见过,不知道。。) fromList

  3. venneuler包引入的用于描述集合交集的向量 fromExpression

光看文字肯定是不懂的,所以直接实战把

输入方式一: table

我们用UpSetR提供的测试数据作为演示

require(ggplot2); require(plyr); require(gridExtra); require(grid);
movies 

看下数据长什么样子

View(movies)

基本上就是说每一部电影的名字,年份,是什么类型。
绘图用的 upset 函数:

upset(movies, nsets = 7, nintersects = 30, mb.ratio = c(0.5, 0.5),
      order.by = c("freq", "degree"), decreasing = c(TRUE,FALSE))

稍微解释一下参数







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