正文
在总则方面的差异
在总则方面，两部指南主要是对社会资本的定义不同，财政部PPP指南第二条定义的社会资本是：已建立现代企业制度的境内外企业法人，但不包括本级政府所属融资平台公司及其他控股国有企业。收费公路PPP指南第二条定义的社会资本方是：已建立现代企业制度的各类国有企业、民营企业、外商投资企业、混合所有制企业，以及其他投资、经营主体。关于本级政府所属融资平台公司及其他控股国有企业是否能够担任本级政府PPP项目的社会资本，国办发〔2015〕42号文已经开了口子：大力推动融资平台公司与政府脱钩，进行市场化改制，健全完善公司治理结构，对已经建立现代企业制度、实现市场化运营的，在其承担的地方政府债务已纳入政府财政预算、得到妥善处置并明确公告今后不再承担地方政府举债融资职能的前提下，可作为社会资本参与当地政府和社会资本合作项目，通过与政府签订合同方式，明确责权利关系。
在项目识别与准备环节，财政部PPP指南的核心要点就是编写“一案两书”，即：项目实施方案、物有所值评价、财政承受能力论证。一般来说PPP项目是先编写可行性研究报告（解决PPP项目建设和运营技术方案），再编写实施方案（解决PPP项目的交易结构），最后是物有所值评价和财政承受能力论证。
收费公路PPP指南第十一条明确列明了实施方案应具备的内容，并特别提出实施方案可委托第三方进行编制，承担编制任务的第三方应尽量避免与潜在社会资本方存在关联关系，如存在关联关系，不得利用其关联关系损害社会资本方选择的公正性。第十二条首次明确了项目审批制、核准制的适用情形，政府采用资本金注入、或既有资本金注入又有建设期投资补助、运营补贴、贷款贴息一种或几种方式参与收费公路PPP项目，按照审批制管理；政府采用建设期投资补助、运营补贴、贷款贴息方式参与收费公路PPP项目，按照核准制管理。有关审批制、核准制详见《国务院关于投资体制改革的决定》（国发〔2004〕20号）。
财政部PPP指南将第四章名称定为“项目采购”，而收费公路PPP指南将第三章名称定为“社会资本方选择”，名称虽不同，但本质上没区别，章名定为“社会资本方选择”显得更加直接一点。
在采购方式上，财政部PPP指南第十七条规定了公开招标、邀请招标、竞争性谈判、单一来源采购和竞争性磋商五种方式，并着重对竞争性磋商的程序进行了说明，但收费公路PPP指南第十八条仅规定了公开招标、竞争性谈判两种方式，虽然该条后面留了“等竞争方式”的尾巴，但容易让人误解。邀请招标、单一来源采购肯定不是竞争方式，但竞争性磋商也是竞争方式，是否适用，不得而知。
在对社会资本方资格要求上，收费公路PPP指南第二十一条进行了诸多创新性的表述，如：不得以不合理的条件限制或者排斥潜在社会资本方，不得对不同所有制形式的潜在社会方实行歧视性待遇（现实中民企很容易受到歧视），不得将具备设计或施工资格能力作为参与投标的强制性条件。另外，第二十一条在最后还对“两标并一标”进行了确认：对于具备设计或施工资格能力的社会资本方，或者自身不具备设计或施工资格能力但联合了具有相应资格能力的设计或施工单位共同组成联合体投标的社会资本方，按照《中华人民共和国招标投标法实施条例》第九条规定，中标后可以不再对设计或施工任务进行招标。这与财政部《关于在公共服务领域深入推进政府和社会资本合作工作的通知》（财金〔2016〕90号）第九条有关“两标并一标”的表述大体一致。
