专栏名称: 生信杂谈

生物信息学;生物信息;计算机辅助药物设计;测序分析;Python;R;机器学习;论文写作;网站制作;LOL;dota2。

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g_mmpbsa之参数注释

生信杂谈 · 公众号 · · 2018-01-12 19:15

正文

= npbe

选择线性还是非线性波尔兹曼公式来解决问题。关键字 lpbe 和 npbe 分别表示线性和传统的非线性PB公式。在极性计算中不同的值的影响已被调查过。对于高电荷体系，使用非线性PB公式是必须的。

mg-type                 = mg-auto

接受 mg - auto 和 mg - para 两个关键字 mg - auto 将会自动设置顺序进行多格点PB计算 mg - para 将会自动设置线程进行多格点PB计算（此需要自己编译APBS版本和mpirun）

pcharge                   =  1

溶液中正电荷离子电荷

prad                       =

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