手把手教您学会宏基因组组组装

1.     对每个样本单独组装

组装命令：

SOAPdenovo-63mer all –s sample1.config –K 57 –o sample1 -d 1 -M 3 -u –F -p 10

SOAPdenovo-63mer all –s sample2.config –K 57 –o sample2 -d 1 -M 3 -u –F -p 10

SOAPdenovo-63mer all –s sample3.config –K 57 –o sample3 -d 1 -M 3 -u –F -p 10

参数说明：

-s     config配置文件；

-K    k-mer的长度；

-o    输出文件前缀；

-d    [INT], kmerFreqCutoff, 去除频数小于等于该值的kmers，默认为0；

-M   [INT], mergeLevel连接contigs时, 合并相似序列的等级，默认为1，最小值为0，最大值为3，