Genome Biol | 陈路/林静雯/耿佳团队开发纳米孔RNA直测新方法DEMINERS

测序中国 · 公众号 · · 2025-04-11 08:00

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13 个口咽拭子样本。尽管样本中病毒 RNA 含量较低， DEMINERS 仍成功地从样本中提取并比对出高质量的 SARS-CoV-2 基因组序列。通过 RNA 修饰分析，识别出了 43 个 m ⁶ A 修饰位点，并表明 RNA 修饰与突变之间可能存在潜在关系。进一步分析表明，病毒载量与口咽微生物多样性之间呈负相关，提示病毒的存在可能抑制了呼吸道微生物群体的多样性（图 2 ）。

图 2 . 利用 DEMINERS 对 COVID -19 拭子样本进行宏基因组分析

疟原虫是引起疟疾的病原体，其滋养体（ trophozoite ）和裂殖体（ schizonts ）是其红细胞内发育时期的两个关键阶段，对疟原虫致病性起决定性作用。在疟原虫的研究中， DEMINERS 用于分析滋养体和裂殖体阶段的转录组特征。 研究发现，裂殖体阶段的转录本具有较短的 Poly(A) 尾巴和更高的 m ⁶ A 修饰水平。 65.5% 的 m ⁶ A 修饰位点仅在裂殖体阶段存在，表明这些修饰可能与疟原虫在不同发育阶段的基因调控密切相关。此外， DEMINERS 还揭示了疟原虫中多种新型可变剪接体，尤其是裂殖体阶段表现出更高的剪接多样性，为研究新的抗疟靶点提供了数据支持（图 3 ）。