专栏名称: 实验万事屋
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实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2025-05-18 08:20

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。通过 RNA Pulldown 实验证实 circFndc3b 可与 ENO1 蛋白相互作用,且不影响 ENO1 的 mRNA 或蛋白表达水平:
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通过分析 circFndc3b 敲减后的二代测序数据,结合 ENO1 靶基因筛选,研究团队锁定 Klf2 作为潜在下游基因( 下图的火山图,其实就是通过基因表达的差异,以及这些差异的-log的p值形成的散点图,通过筛选,就得到了潜在的下游差异表达更为显著的靶基因,不清楚的话,可以去看看《夏老师带你读文献》复习下 )。实验表明,circFndc3b 过表达可显著提升 Klf2 蛋白水平,且该效应可被 ENO1 敲低逆转,提示 circFndc3b 通过与 ENO1 结合,发挥支架作用以增强 Klf2 的 mRNA 稳定性及蛋白表达:
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在验证 Klf2 在 circFndc3b 调控小胶质细胞 / 巨噬细胞焦亡中的作用时,研究团队采用敲减 Klf2 的方法 由于原有的命题是“circFndc3b通过与ENO1的相互作用,促进Klf2的mRNA稳定性和蛋白质表达,影响了细胞焦亡的表型”,这个命题的关键,并不在于Klf2的表达情况,而是“circFndc3b通过与ENO1的相互作用”,也就是说,更合理的验证,不是直接敲减Klf2,而是通过阻遏circFndc3b与ENO1的结合,来影响Klf2的表达,否则就会产生肯定后件的逻辑谬误,不清楚命题的外延和内涵,以及所造成的肯定后件的逻辑谬误的话,可以去看看《科研的推理和逻辑:从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼?》系列 。尽管实验表明小胶质细胞 / 巨噬细胞中的 Klf2 以 circFndc3b 依赖的方式介导运动的神经保护作用,但该验证方法仍存在一定局限性:
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研究进一步结合前期关于 circFndc3b 在心肌梗死中下调 FUS 表达的研究,探讨 circFndc3b 与 ENO1 结合对 FUS 的影响,发现 circFndc3b 通过结合 ENO1 稳定 FUS 的 mRNA,而 FUS 又可调控 circFndc3b 的环化,形成正反馈调控环路:
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总体而言,该研究前期的推理与验证过程较为严谨,( 但在后期探讨 circRNA 与 ENO1 结合对下游基因表达的影响时,单纯依赖敲减和过表达实验,未能直接证明二者结合的功能性作用,存在 “肯定后件” 的逻辑风险,导致机制阐述的严谨性稍显不足 )。感兴趣的读者可查阅原文深入探究,希望本文能为您的科研思路提供启发。

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